数据资源 | Nature发布迄今最大规模人类蛋白互作图谱

2020-04-15 420其它数据库

近日,Dana-Farber癌症研究所、哈佛大学医学院、多伦多大学等多家单位的研究人员共同完成迄今为止最大规模人类蛋白互作图谱:HuRI,此项研究已在《Nature》发表。

蛋白互作_1

HuRI是Dana-Farber癌症研究所癌症系统生物学中心(CCSB)蛋白组研究项目的第三阶段,包含大约53000个蛋白互作信息,是以往研究规模的4倍,是一个将基因组变异与表型结果联系起来的系统的蛋白组学参考图谱。

为什么要绘制蛋白互作图谱?

人类参考基因组序列使我们能够在机体、组织、细胞类型和单细胞水平上对基因和表达变异进行系统研究。尽管在基因组、转录组和蛋白组方面取得了进展,但我们仍然对介导表型和组织或细胞类型变异的细胞机制知之甚少。蛋白互作在一定程度上能够解答这个问题。

就像人类参考基因组一样,需要通过研究基因及其产物(主要是蛋白质)如何相互作用,系统而全面地生成人类蛋白互作参考图谱,为在一般/特定细胞环境中对整个蛋白组的生物学机制进行研究提供支撑。

HuRI能做什么?

HuRI与基因组、转录组、蛋白组数据的整合使得细胞功能可以在大多数生理或病理细胞环境中被研究。研究人员证明了HuRI可鉴定特定亚细胞中蛋白相互作用。由此推断的组织-特异功能网络揭示了细胞环境-特异功能形成的一般原理,阐明了孟德尔疾病组织-特异功能表型的潜在分子机制。

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HuRI基因间的互补功能关系。在观察到HuRI直接富集蛋白互作网络(PPIs)的基础上,还通过相似互作界面预测蛋白是否共享互作分子。

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HuRI蛋白质组的无偏倚覆盖揭示了疾病相关基因的未知互作网络。

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在HuRI中,具有不同亚细胞区室的蛋白质是均匀分布的。通过整合HuRI和现有的蛋白质定位数据,可以推断出许多不同细胞区室的细胞定位特异性PPI网络。作为验证实验,研究人员鉴定蛋白质进入细胞外囊泡的潜在受体。

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揭示组织特异的蛋白互作网络和组织特异性疾病的机制。

研究数据

HuRI, Lit-BM和所有之前已发表的来自CCSB的人类蛋白互作图谱数据均可在如下链接获取:

http://interactome-atlas.org

此项研究中PPI数据可通过IntAct数据库(https://www.ebi.ac.uk/intact/)访问,编号:IM-25472。

原始和分析后的蛋白组数据已存储在PRIDE数据库(https://www.ebi.ac.uk/pride/),编号:PXD012321。

参考文献
Luck, K., Kim, D., Lambourne, L. et al. A reference map of the human binary protein interactome. Nature (2020). 
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复核:谈聪。

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