表观研究数据库推荐 | 查询疾病/表型与表观遗传之间的联系,原来可以如此简单!

2020-04-03 455其它数据库

表观基因组关联分析(Epigenome-wide Association Study,EWAS),即基于全基因组范围寻找组间的表观遗传学标记的差别或特征,是研究复杂疾病遗传学基础的一种有效方法。来自哈尔滨医科大学的研究人员开发了一个综合性的EWAS数据库:EWASdb,为疾病/表型的表观遗传学研究提供便捷的数据资源。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

EWASdb_1

EWASdb存储了EWASs DNA甲基化的表观遗传关联结果。目前的版本中,其已经管理了1319个EWASs,与302种疾病/表型相关。

为什么要构建EWASdb?

EWASs的结果缺乏专业数据库存档

DNA甲基化在调控染色质结构和基因表达方面起着关键作用,参与了人类发育、衰老、基因组印记和抑癌基因失活等多种关键生物学过程。EWAS为复杂疾病或表型的研究提供了有效手段。然而,并没有一个完整的数据库来存档EWASs的结果。EWASdb存储了EWASs DNA甲基化的表观遗传关联结果,可用于查询复杂疾病或表型显著相关的DNA甲基化标记、基因、KEGG通路和GO分类。

EWASdb_2

EWASdb能做什么?

查询功能

模块一:EWAS for single marker

在这个搜索模块中,EWASdb提供了五种不同的方法来搜索与疾病/表型相关的单个DNA甲基化标记的详细信息:1)疾病名称/表型;2)EWAS ID:可以输入从EWAS1到EWAS1319的任何条目;3)基因名称;4)CpG位点编号:cg#;5)染色体区域位置:chr#。

操作示例:以胶质瘤为例,Search by disease/phenotype输入glioma,即可得到与胶质瘤相关的DNA甲基化标记列表,点击EWAS ID可得到每个EWAS的详细信息。

模块二:EWAS for KEGG Pathway

在这个搜索模块中,用户可使用单一条件搜索(KEGG ID、KEGG名称、EWAS ID)或多条件搜索(KEGG ID/KEGG名称+EWAS ID), 获取涉及该通路的EWASs详细信息。

操作示例:以半乳糖代谢为例,Search by KEGG_Name输入Galactose metabolism,即可获取涉及该通路的EWASs列表,点击EWAS ID可得到每个EWAS的详细信息。

模块三:EWAS for GO Category

在这个搜索模块中,用户可使用单一条件搜索(GO分类名称、GO分类ID、EWAS ID)或多条件搜索(GO分类名称/GO分类ID+EWAS ID), 获取与该GO分类相关的EWASs详细信息。

操作示例:以线粒体基因组维护为例,Search by GO_Term_Name输入Mitochondrial genome maintenance,即可得到与该GO分类相关的EWASs列表,点击EWAS ID可得到每个EWAS的详细信息。

浏览和下载功能

  • EWASdb允许用户按照类别或按照字母浏览数据,其中类别子页面中包含7个大类302个子分类。
  • 所有数据都可以从“下载”页面免费下载。
  • 用户还可以点击“EWAS软件”下载EWAS v2.0分析自己的数据。

👉 访问EWASdb

参考文献
Di liu, Linna Zhao, Zhaoyang Wang, et al. EWASdb: epigenome-wide association study database[J]. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D989-D993.
图片来源:均来源于参考文献,如有侵权请联系删除。

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