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2020-03-06 301其它数据库

微生态与健康:

人体的肠道、皮肤、呼吸道、生殖道等与环境接触的部位均存在菌群定植,微生态的动态平衡在人类健康和疾病发展中扮演着重要的角色。宏基因组技术帮助我们揭开人体微生态的神秘面纱。

阴道微生态与女性健康

女性阴道微生态系统是人体微生态系统的组成之一,由阴道内的微生物菌群、内分泌调节系统、阴道解剖结构和局部免疫系统共同组成。

其中,阴道内的微生物菌群与常见妇科疾病(阴道炎、盆腔炎性疾病)、不良妊娠结局(流产、早产等)、不孕症等密切相关,对女性生殖健康具有重要意义。

目前已有的人类微生态宏基因组数据专注于肠道,针对阴道等其他身体部位的数据较少,无法满足现有的研究需求。

VIRGO:揭示阴道微生物多样性

马里兰大学医学院(UMSOM)基因组科学研究所(IGS)的研究人员构建了一个完整的人类阴道微生物非冗余基因目录(VIRGO),并作为公共资源发布。相关研究成果已发表在《Nature Communications》上。

VIRGO提供了一个方便的参考数据库和工具包,将有助于更深入地了解阴道微生物在女性健康,尤其是生殖健康中的作用。

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VIRGO:人类阴道微生物非冗余基因目录

VIRGO是由宏基因组和泌尿生殖分离细菌基因组数据组合构建的,覆盖95万个非冗余基因,可用于阴道宏基因组和宏转录组的种类和功能分析。其中功能注释工具包括:KEGG、COG、eggNOG、 GO、Pfam等。

研究人员还通过识别基因进一步构建阴道直系同源蛋白数据(VOGs),提供阴道微生物群落共有的功能蛋白家族信息。

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VIRGO覆盖了>95%的人类阴道微生物群落,并且适用于来自北美、非洲和亚洲的人群研究。

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研究人员使用1507个宏基因组数据集验证了VIRGO的分析功能,并且发现阴道菌群的种内多样性大大超出最初预期。

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下一步计划:

VIRGO已上线版本主要收录细菌序列(包含少量病毒和真菌序列),重点关注去除数据冗余及阴道微生物群落特征注释。

未来,研究人员将扩展VIRGO的功能,例如识别基因内核苷酸变异等;同时深入剖析非细菌微生物,提供更完整的阴道微生物群落图谱,进一步促进对物种内部多样性和阴道生态系统进化的理解。

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参考文献:
[1] 中华医学会妇产科学分会感染性疾病协作组. 阴道微生态评价的临床应用专家共识[J]. 中华妇产科杂志, 2016, 51(10):721-723.
[2] 张帝开, 李佳琛. 阴道微生态环境对辅助生殖技术安全性影响[J]. 中国实用妇科与产科杂志, 2018, v.34(06):33-36.
[3] Koedooder R, Mackens S, Budding A, et al. Identification and evaluation of the microbiome in the female and male reproductive tracts[J]. Human reproduction update, 2018, 25(3): 298-325.
[4] Ma B, France M T, Crabtree J, et al. A comprehensive non-redundant gene catalog reveals extensive within-community intraspecies diversity in the human vagina[J]. Nature Communications, 2020, 11(1): 1-13.
引用:
University of Maryland School of Medicine. "Gene catalog comprising community of microbes in vaginal microbiome." ScienceDaily. ScienceDaily, 26 February 2020. .

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