数据资源推荐 | 轻木、檀香紫檀等11种珍贵木材染色体级基因组图谱

2024-02-17 429CNGBdb

近日,国家基因库生命大数据平台支撑多种珍贵木材基因组图谱科研成果在《Scientific Data》和《Frontiers in Plant Science》发表。来自深圳华大生命科学研究院、西南林业大学、西安交通大学、华南植物园以及中国科学院分子植物科学卓越创新中心的研究人员成功为轻木、檀香紫檀等11种具有重要经济和生态价值的木材树种构建了高质量染色体级别的基因组序列图谱。这一成就不仅能促进具有特殊木材特性的树木的改良育种,也能为珍贵树木的多样性保护提供研究基础。

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5种豆科红木染色体水平基因组

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期刊:Scientific Data
内容梗概:此项研究使用短读、长读纳米孔和Hi-C数据的组合,生成了五种豆科红木物种的染色体规模组装:Pterocarpus santalinus(檀香紫檀)、Pterocarpus macrocarpus(大果紫檀)、Dalbergia cochinchinensis(交趾黄檀)、Dalbergia cultrata (黑黄檀)和 Senna siamea(铁刀木),为研究红木的木材质量、抗病性和环境适应等关键性状提供宝贵的资源。
数据编号:CNP0003804

3种商用木材染色体水平基因组

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期刊:Scientific Data 内容梗概:此项研究结合10X, stLFR, Hi-Fi测序和HiC数据,组装了3种商用木材高质量的基因组:Ochroma pyramidale(轻木)、Mesua ferrea(铁力木)、Tectona grandis(柚木),产生的数据有望作为宝贵的遗传资源,促进比较基因组分析,并对进一步了解非模式木本物种的木材特性具有重要的实际意义。
数据编号:CNP0001860CNP0001861

重要商业价值红木染色体水平基因组

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期刊:Scientific Data
内容梗概:此项研究通过结合 10X 测序和 Hi-C 数据,组装了重要商业价值红木高质量基因组:Swietenia macrophylla(大叶桃花心木) 和 Khaya senegalensis(非洲桃花心木),这些红木物种的染色体级基因组组装可作为重要的遗传资源,特别是在了解非模式木本植物的特性方面。这些高质量的基因组可为育种计划、保护工作和宝贵森林资源的可持续管理提供分子标记的开发支持。
数据编号:CNP0004053CNP0004052

印度黄檀染色体水平基因组

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期刊:Frontiers in Plant Science
内容梗概:此项研究基于10x Genomics测序数据,成功组装了Dalbergia sissoo(印度黄檀)高质量基因组,将促进对印度黄檀快速生长特性和进化的了解,并有助于揭示其分子育种和木材形成机制。
数据编号:CNP0004041

参考文献:
[1] Yang, J., Liu, M., Sahu, S.K. et al. Chromosome-scale genomes of five Hongmu species in Leguminosae. Sci Data 10, 710 (2023). https://doi.org/10.1038/s41597-023-02593-2
[2] Sahu, S.K., Liu, M., Chen, Y. et al. Chromosome-scale genomes of commercial timber trees (Ochroma pyramidale, Mesua ferrea, and Tectona grandis). Sci Data 10, 512 (2023). https://doi.org/10.1038/s41597-023-02420-8
[3] Sahu, S.K., Liu, M., Wang, G. et al. Chromosome-scale genomes of commercially important mahoganies, Swietenia macrophylla and Khaya senegalensis. Sci Data 10, 832 (2023). https://doi.org/10.1038/s41597-023-02707-w
[4] Sahu S K, Liu M, Li R, et al. Chromosome-scale genome of Indian Rosewood (Dalbergia sissoo)[J]. Frontiers in Plant Science, 2023, 14: 1218515.
部分信息来源于:“华大集团BGI”公众号

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