助力科研抗疫 | CNGBdb发布病毒数据库子库:SARS-CoV-2数据库v1.0版

2020-02-24 694CNGBdb

2020年2月24日,国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)发布「硬核双库」:病毒数据库(Virus Database)和其子库新冠病毒数据库(SARS-CoV-2 Database)v1.0版,助力科研抗疫。

病毒感染  威胁人类健康

病毒(virus)不是严格意义上的生命,它没有自己的蛋白质翻译和能量代谢等系统,只能寄生在细胞内,利用宿主的一系列因子来进行复制扩增,产生新的病毒粒子。病毒很小,典型的病毒大小在0.02微米~0.2微米间,无法用普通光学显微镜看到,而且非常简单,一般由一种类型的核酸(DNA或RNA)组成的基因组和蛋白质外壳构成,有些病毒还含有脂质和蛋白质组成的包膜。

病毒感染会对人类健康带来持续威胁,例如严重急性呼吸综合征(SARS)、中东呼吸综合征(MERS)、2019冠状病毒病(COVID-19)等,其重症发生率和病死率均较高。

科学防疫  构建病毒数据库

明确致病病原体是精准防治的前提。致病病原体的基因组信息分析为病原体快速鉴定、疫情起源追踪与疫情监测、辅助疾病治疗与防控提供重要参考。

CNGBdb发布的病毒数据库覆盖了最全面的病毒元信息及序列数据,并提供在线分析工具,实现数据可视化,为基础研究(病原体鉴定、溯源、致病机理等)和医学研究(早期诊断、辅助治疗、疫苗/新药研发等)提供数据支持。

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全面病毒数据信息

该数据库主要收录美国国家生物技术信息中心(NCBI)和CNGBdb平台已公开的病毒元信息和序列数据,并关联病毒相关数据集,为用户提供全面的病毒数据信息。

便捷数据搜索/下载

该数据库序列数据包含物种名、宿主、采样时间、采样地点、样本提供单位等元信息,用户可以使用表格设置(Table Settings)按钮选择相关元信息快速筛选需要的目标病毒株,并下载目标病毒株的元信息表格/序列(原始数据/组装数据)进行后续研究。

可视化在线数据分析

该数据库提供在线分析工具,实现数据可视化:

  • Browser:基因浏览器,用户可通过它快速准确的浏览基因组的任何部分,同时获得该部分基因组的注释信息,快速了解病毒基因组结构和功能。
  • BLAST:通过核酸序列在数据库中的比对,直接得到核酸序列的同源性信息,为病毒进化来源及致病机制提供参考依据。
  • Phylogeny:根据核酸/氨基酸序列之间的进化关系构建进化树,是揭示病毒进化关系的重要依据。

特别说明:可视化在线分析工具尚在开发中,近期将陆续上线,敬请期待!

快速数据共享

病毒数据的全球共享对于保护人类健康至关重要。特别是在疫情发生期间,快速共享病毒数据,可为评估疫情风险、启动公共卫生应对措施及制定医疗对策提供参考。用户可通过CNGBdb旗下的国家基因库序列归档系统(CNSA),快速完成数据存储和共享发布。

新冠突发  子库助力科研抗疫

新型冠状病毒引发的肺炎疫情蔓延至全国各省市。2020年2月12日国际病毒分类委员会(ICTV)宣布新型冠状病毒的正式分类名为SARS-CoV-2,世界卫生组织(WHO)同日宣布,由这一病毒导致的疾病的正式名称为COVID-19。

为加快SARS-CoV-2的研究,CNGBdb同期发布病毒数据库子库:SARS-CoV-2 Database v1.0版,其主要收录了NCBI和CNGBdb平台上已公布的SARS-CoV-2元信息和序列数据,并关联宿主和潜在中间宿主数据集和已发表研究论文,实现SARS-CoV-2的全信息整合,助力科研抗疫。

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如何使用病毒数据库?

以SARS-CoV-2 Database v1.0版为例,病毒数据库的主要功能有数据搜索/下载、关联数据集、数据共享和在线数据分析工具(开发中),具体操作说明如下:

便捷数据搜索/下载

使用表格设置(Table Settings)按钮选择相关元信息快速筛选需要的目标病毒株,勾选目标病毒株下载元信息表格/序列进行后续研究。

操作指引:
CNGBdb首页 → 科学数据库 → Virus DB: 病毒数据库 → SARS-CoV-2 DB:新冠病毒数据库 →  点击表格设置选择元信息  → 点击下载序列/表格。

Tips:

  • 一键下载所有序列/元信息表格:进入SARS-CoV-2 Database后直接点击下载序列/表格。
  • 原始序列/组装序列下载:进入SARS-CoV-2 Database,选择原始数据/组装数据,点击文件(File)列按钮直接下载。

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关联相关数据集/文献

为实现SARS-CoV-2的全信息整合,SARS-CoV-2 Database还关联了SARS-CoV-2相关数据集和文献,其中数据集涉及病毒、宿主、潜在中间宿主等数据集,文献覆盖已公开发表的相关研究论文。

操作指引:
CNGBdb首页 → 科学数据库 → Virus DB: 病毒数据库 → SARS-CoV-2 DB:新冠病毒数据库 →  点击数据集标题/文献编号查看详情。

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快速数据共享

第一时间公布病毒数据是国际惯例,有助于疾病在世界范围内的控制,在此我们呼吁更多的研究者及时发布SARS-CoV-2 组学数据。

操作指引:
CNGBdb首页 → 科学数据库 → Virus DB: 病毒数据库 → 数据递交 → 点击提交数据,按提示步骤递交即可。

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特别说明:关联文献是子库SARS-CoV-2 Database的特有功能;在线数据分析工具待上线后再做操作指引说明。

病毒数据库访问链接:https://db.cngb.org/virus/

温馨提示:病毒数据库和SARS-CoV-2 Database将根据公开研究及数据信息持续更新,关于数据库的任何问题,均可直接与CNGBdb团队联系:cngbdb@cngb.org

特别提示

为尊重数据提交者的研究成果,用户需承诺遵循数据来源库的条款条件,数据使用协议及相关要求,合理下载和使用数据。对于数据引用方式,如有疑问或建议可联系cngbdb@cngb.org。

部分信息来源于医脉通,如有侵权请联系删除。

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