国家基因库生命大数据平台被广东省农科院、中国药科大学等多家研究机构/高校图书馆收录

2022-07-13 99CNGBdb

近日,国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)被广东省农科院、中国药科大学、武汉理工大学、三峡大学、中南民族大学等多家研究机构/高校图书馆收录。

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此次CNGBdb被多家研究机构/高校图书馆收录将进一步提升CNGBdb生物大数据共享和应用的服务力,为用户提供更便捷的数据/工具资源访问和服务通道。

国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)为全球科研工作者提供生物大数据智能搜索、汇交管理、可信计算和科学应用等服务,建立大数据搜、存、算、用为一体的闭环,助力科研合作、成果发表,促进生物、医学、农业等产业发展。

CNGBdb丰富的数据/工具资源可以让科研工作者轻松完成搜文献、找数据和分析数据这些科研日常:1)选题调研、标书撰写、seminar、“湿实验”方案:亿级索引+TB级元数据的文献及数据资源,同时配备覆盖生命科学研究各领域的30+专有数据库和50+专有数据集;2)“干实验”:CODEPLOT-0代码常规分析+Jupyter Notebook个性化分析,在线多组学工具。

海量资源 · 便捷搜索

作为国内最大的生物大数据中心之一,CNGBdb汇集了国家基因库及全球其他重要数据源的公开数据,包括文献库、基因库、变异库等10大子库,数据关联、支持跨库全局检索和单库精确搜索。

搜文献

以文献库为例,除了常规文献搜索功能,例如使用关键词搜索获得文章的基本信息、全文链接、影响因子、引用量、被引文献和关联数据等。CNGBdb还设置了:
1. 关键词中英文智能识别搜索模式,即你可以用中文关键词搜索到英文文献。
2. 文献推荐图谱功能清晰呈现了该文献所属领域的经典文献、重要作者、科研关键词及相互之间的脉络,尤其在做文献综述的时候,让你以最少的时间成本获取最多的信息。

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找数据

1. 常规数据搜索功能:用户通过首页搜索框,使用关键词搜索9大子库中的基因、蛋白、变异等数据信息;
2. 专有数据集和数据库:CNGBdb整理和收录了植物、动物、微生物、疾病等方向的数据集和科学数据库,方便相关领域研究者查找和使用相关数据。

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值得一提的是,今年国家基因库即将发布的科研热点时空组学专题数据库:STOMICS DataBase,其是一个与时空组学主题相关文献和数据集的综合资源库,同时其还在线部署了工具用于数据查看、分析和可视化,一站式促进时空组学领域科学研究。目前STOMICS DataBase已收录与时空组学主题相关的文献5735篇和数据集141个。

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0代码工具· 在线分析

为了满足生信0基础科研工作者的日常数据分析需求,CNGBdb部署了多个在线分析工具,包括常用的比对工具BLAST,翻译组分析工具Galaxy,癌症数据分析平台DISSECT,病原数据库PVD,生命大数据可信计算平台CODEPLOT等。

其中,生命大数据可信计算平台CODEPLOT是一个灵活、可信的计算平台,用户无需任何编程背景,也可使用该平台的计算工具进行自动化的生物信息学分析。同时,它采用区块链和多方安全计算等前沿技术,确保用户的数据安全。目前,CODEPLOT除了可0代码进行常规的单细胞、WGS、GWAS等分析外,有生信基础的用户也支持使用Jupyter Notebook功能在线交互式编程,完成个性化分析。

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此外,CODEPLOT还部署了包含STOMICS DataBase中所有数据的数据集和STUtility等时空组学分析工具,以方便科研人员结合STOMICS DataBase数据集和用户自有数据进行在线分析。

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未来,CNGBdb将持续扩大与国内外研究机构/图书馆的资源收录与对接,为科研人员基于大数据与大计算开展科学研究提供有力支撑,并进一步促进由生物大数据驱动的科研创新。

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