第十届生物信息学与计算生物学国际会议顺利举行,时空组学数据库STOMICS DataBase广受关注

2022-05-18 550CNGBdb

5月13日~15日,由IEEE和浙江大学主办的第十届生物信息学与计算生物学国际会议(ICBCB 2022)顺利举行,深圳国家基因库(以下简称“国家基因库”)受邀作为协办单位参与本次会议,由国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)搭建的时空组学数据库(STOMICS DataBase)亮相生物信息与组学数据分析论坛,获得生物信息与计算生物学领域研究人员的广泛关注。

ICBCB 2022采取线上形式举办,汇集了来自世界各地生物信息与计算生物学领域的顶尖学术科学家、研究人员和学者,旨在为相关领域研究者提供跨学科交流平台,促进生物信息学与计算生物学领域的合作与发展。

5月15日,在ICBCB 2022生物信息与组学数据分析论坛,国家基因库生物信息副研究员王伟文博士作了《STOmicsDB:Spatial Transcriptomics DataBase 》的主题报告,首先其以Stereo-seq为例概述了时空组学的技术背景、应用案例及其在数据管理及分析等方向面临的挑战,随后分享了国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)正在搭建的时空组学数据库(STOMICS DataBase),并重点展示了STOMICS DataBase的主要功能及未来规划。作为科研热点时空组领域的综合资源库,STOMICS DataBase的亮相获得与会专家的广泛关注。

空间转录组学是一个迅速发展的领域,有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织结构。CNGBdb正在搭建的时空组学数据库(STOMICS DataBase)是一个与时空组学主题相关文献和数据集的综合资源库,同时其还在线部署了工具用于数据查看、分析和可视化,一站式促进时空组学领域科学研究。目前STOMICS DataBase已收录与时空组学主题相关的文献5735篇和数据集141个。

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值得一提的是,日前Cell出版社官网以时空组学联盟(STOC)专题的形式发布了系列成果,国家基因库同期发布时空组专辑数据库,科研人员可以通过该专辑数据库快速获取文献概要、研究数据、分析工具、数据可视化分析结果等关键信息,全面提升文献要点解读及数据/分析工具搜索效率。目前时空专辑数据库已收录7篇科研成果,其中小鼠胚胎发育时空图谱相关成果在《细胞》(Cell)期刊在线发表,斑马鱼、果蝇、拟南芥时空图谱相关成果在《细胞》子刊《发育细胞》(Developmental Cell)在线发表。

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此外,开发团队还在国家基因库生命大数据可信计算平台CODEPLOT部署了包含STOMICS DataBase中所有数据的数据集和STUtility等时空组学分析工具,以方便科研人员结合STOMICS DataBase数据集和用户自有数据进行在线分析。

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未来,国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)将继续秉承“安全、开放、共享”的原则,聚焦生命大数据领域研究热点,充分融合生物技术与信息技术的双方优势,引领生命科学领域创新发展。

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