BMC Biology发表家猪多器官转录图谱

2022-04-12 273CNGBdb

2022年1月25日,青欧研究院Lars Bolund研究所联合卡罗琳斯卡医学院、瑞典皇家理工学院等机构,在BMC Biology期刊发表了家猪多器官转录图谱。

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本研究中产生的猪不同组织和猪脑的转录组测序数据已存储于国家基因库生命大数据平台(CNGBdb),项目编号分别为:CNP0001361CNP0000483

研究背景

猪是重要的模式动物,以猪为模型的研究在药理学[1]、毒理学[2]和疾病机制探索[3]等领域取得了众多重要进展;同时,猪也是人类器官移植的潜在供体。与人类、小鼠等物种相比,猪在基因组、转录组和蛋白质组等方面的研究仍然有限。

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研究结果

此项研究中科研人员采用了一个新的基于UMAP (Uniform Manifold Approximation and Projection) 的分类方法,揭示了家猪不同组织、器官间的基因共表达模式;同时,对猪和人类同源基因进行了比较。通过访问www. rnaatlas.org (The Pig RNA Atlas),可以检索不同组织、器官蛋白编码基因的表达。

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构建家猪蛋白编码基因的多器官表达图谱

该研究以4头成年家猪(巴马小型猪)为研究对象,收集了350个样本,涵盖98个组织、14个器官系统。作者根据发育、功能、解剖学特性以及主要器官/组织的表达模式的相似性,将98个组织分为44个主要器官/组织类型,采用基于UMAP聚类的方法进行分析,构建了家猪蛋白编码基因的多器官表达图谱。

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揭示猪与人对应组织、器官的表达模式的相似性和差异性

此外,研究人员以家猪和人类的32个常见组织中的同源基因为研究对象[4-7],应用超几何分布检验评估了组织特异性表达基因簇在家猪和人类之间重叠情况,揭示了猪与人对应组织、器官的表达模式的相似性和差异性。

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开放资源The Pig RNA Atlas

以上研究结果存放在Pig RNA Atlas (www. rnaatlas.org)上,包括2万多个独立的界面,根据基因名称和基因ID可以对感兴趣基因进行搜索。同时,也可以检索到对应的人类同源基因的表达。该资源为猪这一重要的生物医学大动物模型提供了基础数据,有助于提高我们对其组织器官发育的理解。

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原文链接:https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-022-01229-y
参考文献:
[1] Laan J , Brightwell J , Mcanulty P , et al. Regulatory acceptability of the minipig in the development of pharmaceuticals, chemicals and other products[J]. Journal of Pharmacological & Toxicological Methods, 2010, 62(3):184-195.
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[6] Consortium GT: Human genomics. The Genotype-Tissue Expression (GTEx) pilot analysis: multitissue gene regulation in humans. Science 2015, 348:648-660, 6235, https://doi.org/10.1126/science.1262110.
[7] Consortium GT, Laboratory DA. Coordinating Center -Analysis Working G, Statistical Methods groups-Analysis Working G, Enhancing Gg, Fund NIHC, Nih/Nci, Nih/Nhgri, Nih/Nimh, Nih/Nida, et al: Genetic effects on gene expression across human tissues. Nature. 2017;550(7675):204–13. https://doi. org/10.1038/nature24277.
信息及图片来源:“青欧生命科学高等研究院”公众号

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