发表论文,如何在CNGBdb存储代谢数据? | CNGBdb-Question Time

2022-03-16 167CNGBdb

代谢数据递交操作手册(2022年2月版)

在递交代谢数据前,需先递交研究相关的项目、样本信息。

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01 创建项目

在提交入口页点击“项目”进入提交流程,并在线填写的“项目”基本信息和详细信息。当信息通过校验后,系统会自动分配项目编号(CNPXXXXXXX)。

特别提示: 在创建项目过程中,请注意选择您的项目管理方式,关系到您论文的顺利发表。**

动植物等不涉及人类遗传资源的数据,请尽量选择公开的数据管理方式,公开时间可设置为文章投稿前,以便您的数据能够被期刊的编辑访问,为降低拒稿可能,建议您将数据公开。若是您计划文章接收后再公开数据,请您提前向CNSA邮箱([email protected])申请数据的reviewlink,并将reviewlink发送给期刊,以便期刊编辑查看您在CNSA递交的数据信息。请注意,reviewlink信息不包含数据文件,编辑无法查看到您项目数据文件。

人相关的数据,在未获得科技部人类遗传资源开放共享备案申请前提下,请您选择受控的管理方式,信息公开时间尽量设置为文章投稿前,以便编辑能够访问到您的项目信息。请注意,受控的管理方式,编辑或是用户访问不到您的数据文件,若需下载和使用数据文件,需获得您的审核同意。若是您计划文章接收后再公开受控项目的信息,请您提前向CNSA邮箱([email protected])申请数据的reviewlink,并将reviewlink发送给期刊,以便期刊编辑查看您在CNSA递交的项目信息。

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02 创建样本

在提交入口页点击“样本”进入提交流程,并在线填写“样本”基本信息和详细信息。当信息通过校验后,系统会自动分配样本编号(CNSXXXXXXX)。

特别提示

请根据您实际的样本情况,选择合适的样本类型,下载对应的样本模板,填写后上传。为确保您样本的准确性和唯一性,具有相同样本属性的样本会被系统判定为同一样本,请注意填写您的样本属性信息。

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03 代谢数据递交

在提交入口页点击“代谢”进入提交流程。

1) 先根据数据文件格式要求和数据上传方式上传数据文件,文件上传方式包含FTP上传和集群上传。

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特别提示

数据上传后,系统会对上传的数据文件进行MD5值校验,通过检查文件的MD5值与您在模板中填写的MD5值的一致性,若是MD5值一致,校验通过。

文件MD5值计算的方法:

Linux 系统:通过执行下面命令获得文件的MD5值$ md5sum file1 file2 9F6E6800CFAE7749EB6C486619254B9C file1 B636E0063E29709B6082F324C76D0911 file2

Mac OS X系统:通过执行下面命令获得文件的MD5值$ MD5 file1 file2 9F6E6800CFAE7749EB6C486619254B9C file1 B636E0063E29709B6082F324C76D0911 file2

Windows系统:step1:按计算机键盘上的【win】+【r】键来打开运行命令行窗口,然后,在弹出的运行窗口中输入“cmd”。step2:点击“确定”,进入cmd命令行界面。使用如下命令做计算MD5值:CertUtil -hashfile 路径\文件名 MD5

示例如下

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2) 代谢元数据包括描述信息和试验信息:描述信息必须提交,描述信息上传之后才能增加试验。前一个试验上传之后才能增加新的试验。请先下载描述信息模板,填写后上传。

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选择不同的技术和实验类型,选择试验的模板,下载,填写后上传。

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04 个人中心查看递交结果

元数据校验通过后,系统将对数据文件进行MD5值校验。当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配代谢编号(METMXXXXXXX),并在10秒后跳转到“我的提交-代谢”,可在此页面“元数据状态”列查看代谢数据编号并下载元数据文件。

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如果您的数据已提交至CNGBdb-CNSA,请在文章中引用CNGBdb编号,引用方式参考如下:

英文:The data that support the findings of this study have been deposited into CNGB Sequence Archive (CNSA) [1] of China National GeneBank DataBase (CNGBdb) [2] with accession number CNPXXXXXXX.

中文:该研究的相关结果数据已收录在国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)[2] 的国家基因库序列归档系统(CNSA)[1],项目编号:CNPXXXXXXX。

参考文献[1] Guo XQ, Chen FZ, Gao F, et al. CNSA: a data repository for archiving omics data. Database (Oxford). 2020; 2020:baaa055. 
doi:10.1093/database/baaa055. Endnote

[2] Chen FZ, You LJ, Yang F, et al. CNGBdb: China National GeneBank DataBase. Hereditas. 2020;42(08):799-809. doi:10.16288/j.yczz.20-080.

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