2022NAR数据库特刊:新冠数据库合辑

2022-01-29 523其它数据库

此前2022Nucleic Acids Research生物数据库特刊上线,包含185篇文章:其中87篇论文报告了新数据库;85篇更新了该期先前发表的资源;13篇提供了最近在其他期刊发表的数据库的更新。

2022NAR特刊-新冠数据库合辑

7个数据库特别关注COVID-19和SARS-CoV-2。

SCoV2-MD

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该数据库是一个跨学科数据库,旨在研究病毒3D蛋白质组的结构生物学、其动力学和病毒变体表型之间相互作用的各种问题。其使用分子动力学(MD)方法产生的模拟,以研究病毒蛋白的结构-动力学-功能关系。通过追踪所有在大流行期间测序并存放在GISAID平台中的可用变异,将分子数据与大流行的演变进行交叉对比。

数据库地址:https://submission.gpcrmd.org/covid19/

COVID19db

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数据信息:该平台整合了GEO中95个COVID-19相关的人类转录组数据集,以及DrugCentral和KEGG中2037种药物、1116个靶点和207条途径之间的39 930种相互作用。这些数据集包含与33种微生物和33种药物/药剂暴露有关的13个身体部位的4127个样本的转录组。每个数据集都用丰富的临床信息进行了人工注释,并为准确的数据检索和应用开发进行了标准化。

分析工具:该平台部署了14种不同的分析应用程序,可根据数据集中样本的临床信息,通过定制分组和设置来分析这些综合数据。此外,其还提供了一个Web Service工具,允许用户使用自己的转录组数据执行14种不同的分析。值得一提的是COVID19db提供了一个药物发现工具,在整个转录组尺度上发现COVID-19及其相关疾病的潜在药物和可操作靶点。

数据库地址:
http://hpcc.siat.ac.cn/covid19db
http://www.biomedical-web.com/covid19db/

ESC

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该平台是首个最全面的SARS-CoV-2免疫逃逸变异资源,其包含从60多篇研究SARS-CoV-2变异及其对免疫逃逸影响的文章中精确整理的5258个变异条目,其中2068个独特的变异针对230种抗体、患者康复期血浆和疫苗突破性事件进行了测试。用户友好的web界面可用于检索有关免疫逃逸变异及其广泛功能注释的信息。

数据库地址:http://clingen.igib.res.in/esc/

SCovid

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SCovid旨在提供一个全面的单细胞数据资源。当前版本的SCovid记录了10个人类组织的21个单细胞数据集的1042 227个单细胞,11 713个稳定表达的基因和3778个重要的差异表达基因(DEGs)。SCovid还提供了一个用户友好的界面,用于浏览、搜索、可视化和下载所有的详细信息。

数据库地址:http://bio-annotation.cn/scovid

T-cell COVID-19 Atlas

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T-cell COVID-19 Atlas是一个综合门户网站,包含由最流行的SARS-CoV-2变异和CD8/CD4表位的生物信息学分析生成的综合数据,可以分析SARS-CoV-2变异如何改变HLA分子对病毒肽的表达。其将有助于研究人员和临床医生预测不同HLA基因型个体对SARS-CoV-2变异感染的易感性和/或预测其严重程度。

数据库地址:https://t-cov.hse.ru/

Ensembl COVID-19 resource

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该资源整合了一个新的Ensembl基因集、多个变异集以及来自与参考 SARS-CoV-2 组装序列比对的多个相关资源的注释。自2020年5月首次发布以来,内容已使用新的快速发布工作流程定期更新,并集成了Ensembl Variant Effect Predictor等工具。

数据库地址: https://covid-19.ensembl.org

VarEPS

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VarEPS是一个SARS-CoV-2变异评估和预警系统,包括SARS-CoV-2基因组的已知和虚拟变异,以实现对变异株所带来风险的快速评估。该数据库从基因组学和结构生物学的角度,全面分析了已知变异和虚拟变异对ACE2和中和抗体的理化性质、翻译效率、二级结构和结合能力的影响。

数据库地址:https://nmdc.cn/ncovn/

CNGBdb 病毒数据平台

VirusDIP

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VirusDIP整合了CNGBdb、GISAID、NCBI病毒序列数据资源,可提供元信息检索和数据下载,并提供多种工具,为基础研究(病原体鉴定、溯源、致病机理等)和医学研究(早期诊断、辅助治疗、疫苗/新药研发等)提供数据支持。其子库COVID-19数据库和GISAID EpiCoV™镜像库实时更新新冠数据信息。

数据库地址:https://db.cngb.org/virusdip/

参考文献

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