CancerImmunityQTL:系统评估遗传变异对人类癌症免疫浸润影响的数据库 | 癌症研究数据库推荐

2022-01-21 300其它数据库

之前小编给大家做过一期癌症研究数量性状位点(QTLs)数据库套装:PancanQTL、Pancan-meQTL、CancerSplicingQTL。最近小编又找到一个癌症免疫QTLs数据库:CancerImmunityQTL,其为了解人类癌症中免疫浸润的种系决定因素提供重要资源,从而能够更精确地开发免疫干预方法。

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开发团队利用TCGA数据库中的基因型数据和CIBERSORT估计的免疫细胞分数,开发了一个计算管道来识别33种癌症类型中的immunQTLs,共鉴定了913个不同癌症类型的immunQTLs,其中5个immunQTLs与患者总生存率相关。此外,通过整合immunQTLs与GWAS数据,确定了527个与已知GWAS连锁不平衡区域重叠的immunQTLs。最后,构建了一个用户友好的数据库CancerImmunityQTL供用户浏览、搜索和下载感兴趣的数据。

CancerImmunityQTL是什么?

肿瘤浸润性免疫细胞作为肿瘤微环境的组成部分,与肿瘤进展、预后和免疫治疗反应有关。遗传变异已被证明对肿瘤浸润有影响,强调了免疫景观的可遗传特性。因此,鉴定免疫数量性状位点(ImmunQTLs),评估遗传变异对免疫细胞浸润的影响,可能是全面了解遗传变异在肿瘤发展中作用的关键一步。

考虑到免疫QTLs的重要性,在实体瘤和血液恶性肿瘤中都进行了关于遗传变异对免疫浸润影响的新研究。这些研究揭示了遗传变异对各种癌症类型的免疫状况的广泛影响,其可以作为潜在的预后和治疗标志物。然而,目前还没有开发出系统地分析多种癌症类型的ImmunQTLs的数据库。为了弥补这一空白,来自华中科技大学同济医学院的研究团队构建了一个用户友好的数据库CancerImmunityQTL。

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CancerImmunityQTL有哪些功能?

CancerImmunityQTL是一个具有用户友好的web界面的数据库,有浏览、搜索和下载等功能。

搜索

用户可以通过主页搜索模块或导航栏immunQTLs分类模块(immunQTLs、survival-immunQTLs、GWAS-immunQTLs.)通过单一搜索或批量搜索进行目标immunQTLs的查询。

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在主页用户可以通过癌症类型、SNP ID、免疫细胞类型或基因组区域进行单一或批量搜索,结果总表中包含immunQTLs、survival-immunQTLs、GWAS-immunQTLs子表格,其中immunQTLs、survival-immunQTLs还提供了可视化的箱线图和生存曲线。

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在导航栏immunQTLs分类模块用户可以通过癌症类型、SNP ID、免疫细胞类型、样本大小、SNP插补得分、immunQTLs的P值或FDR等条件进行单一或批量搜索,搜索结果以表格的形式展示。上图为immunQTLs模块示例。

浏览

用户可以在主页通过癌症类型或功能和导航栏immunQTLs分类模块对CancerImmunityQTL中的数据进行浏览。

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浏览功能示例:在主页通过癌症类型,直接点击乳腺癌,即可得到数据库中所有乳腺癌有关的immunQTLs、survival-immunQTLs、GWAS-immunQTLs列表;在主页或导航栏都可以根据immunQTLs、survival-immunQTLs、GWAS-immunQTLs浏览数据库中的信息。

下载

CancerImmunityQTL还提供了数据下载的模块,每种癌症类型的所有三个数据集都可以从“下载”页面下载。

随着癌症免疫组学的快速发展,预计具有基因型和浸润性免疫细胞特征的癌症样本数量将显著增加。单细胞研究的发展将同时表征转录、基因组和表观遗传学状态,这将有助于阐明免疫细胞癌的串扰。未来,研究团队将继续更新CancerImmunityQTL,以在癌症样本中包含更多的遗传和免疫景观,并将其作为研究界的一个有用资源加以维护。

CancerImmunityQTL:http://www.cancerimmunityqtl-hust.com/.

参考文献
Tian J, Cai Y, Li Y, et al. CancerImmunityQTL: a database to systematically evaluate the impact of genetic variants on immune infiltration in human cancer[J]. Nucleic Acids Research, 2021, 49(D1): D1065-D1073.
图片来源于CancerImmunityQTL和参考文献,如有侵权请联系删除。

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