从CNS封面文章中找数据 | BICCN:哺乳动物初级运动皮层的多模式细胞普查和图谱

2021-11-30 300其它数据库

今年10月,大脑皮层运动神经元图谱景观以及数据库联盟(BICCN)在Nature发表17篇旗舰研究论文,旨在通过描述各种分子、布线和功能组件如何结合在一起,建立运动皮层细胞类型组织的统一框架。此外,该旗舰研究还用于验证 BICCN 定义细胞类型的系统策略,为应用类似的协作和综合方法来生成全脑细胞普查和小鼠大脑图谱开辟了未来的方向。

在Nature的BICCN专辑中展示了该项目的产生的研究、数据集、方法和工具。

BICCN-1.png

BICCN正在建立全面的脑细胞参考图谱,整合分子、解剖和功能数据,用于描述小鼠、人类和非人类灵长类大脑中的细胞类型。目前BICCN项目的相关公开数据可以通过如下四个数据库获取:BICCN Data Inventory、Neuroscience Multi-Omic Archive(NeMO Archive)、Brain Image Library(BIL)、Distributed Archives for Neurophysiology Data Integration(DANDI)。

BICCN Data Inventory

该站点提供来自艾伦脑科学研究所(Allen Institute for Brain Science)和BICCN项目神经科学数据和工具的公共索引。

BICCN-2.png

NeMO Archive

Neuroscience Multi-Omic Archive是一个数据存储库,专门用于存储和共享BRAIN Initiative和相关脑科学研究项目产生的多组学数据。公开受限的人类样本序列数据需经过NIMH Data Archive和NeMO archive的共同审批程序才能获取。  

纳入NeMO Archive的信息在一定程度上能够帮助研究人员理解:

  1. 与大脑异常和疾病相关的基因组区域;
  2. 转录因子结合位点和其他调控元件;
  3. 转录活动;
  4. 胞嘧啶修饰的水平;
  5. 组蛋白修饰谱和染色质可及性。

纳入NeMO Archive的信息在一定程度上能够帮助研究人员理解:与大脑异常和疾病相关的基因组区域;转录因子结合位点和其他调控元件;转录活动;胞嘧啶修饰的水平;组蛋白修饰谱和染色质可及性。

BICCN-3.png

BIL

Brain Image Library是一个国家公共资源,使研究人员能够存储、分析、挖掘、共享和交互大型脑图像数据集。BIL包括数据集的存放,将数据集整合到一个可搜索的网络访问系统中,数据集的再分配,以及一个计算空间(允许研究者就地处理数据集并限制共享和预发布数据集)。

BICCN-4.png

DANDI

DANDI是研究者共享、汇交和处理细胞神经生理学实验数据的网络平台。DANDI将存储电学/光学的细胞神经生理学记录以及相关的MRI和/或光学成像数据。DANDI的功能包括:
1. 一个用于神经生理学数据存储的云平台,用于数据的汇交和共享。
2. 易于使用的工具,用于神经生理学数据的提交、可视化以及访问。
3. 用于数据获取、可视化和处理的标准化应用,这有利于采用NWB和其他标准。

这些数据将帮助科学家发现和理解大脑功能的细胞水平机制。

BICCN-5.png

上述数据库均可以通过BICCN官网快速访问:https://biccn.org/.

参考文献
https://www.nature.com/collections/cicghheddj 
部分信息来源于“iNature”公众号,图片来源于Nature官网和参考文献,如有侵权请联系删除。

上一篇下一篇

相关专题