VThunter:病毒靶细胞的单细胞筛选数据库

2021-11-18 76CNGBdb

之前小编已经为大家总结过一次好用不踩坑的单细胞数据库合集,这些数据库大多用于人类疾病/癌症的研究。今天小编介绍的这个国产单细胞数据库:VThunter,一个专为病毒学研究设计的综合数据库,利用它研究人员可以更好地了解病毒受体和动物病毒之间的相互作用以及评估病毒的致病机制和在物种中的传播。

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开发团队手动整理了动物scRNA-seq研究中产生的最新数据集,使用统一的处理管道对其进行分析,并对142种病毒中的107种病毒受体进行了综合注释,并在47种动物的210962个细胞中获得了准确的表达特征。VThunter为研究界探索病毒受体的表达特征提供了一个用户友好的界面。

VThunter是什么?

病毒性传染病是对人类和动物健康的一种毁灭性和持续性威胁。受体结合是病毒进入宿主细胞的关键步骤。因此,识别病毒受体是了解这些病原体的潜在组织滋生或宿主范围的基础。

scRNA-seq技术的发展为识别各种组织和/或器官中的所有细胞类型,并以单细胞分辨率剖析基因表达景观开辟了新的途径。可以根据病毒在所有细胞类型中受体的表达谱来预测潜在的细胞类型、组织和器官,例如开发团队对宠物、牲畜、家禽和野生动物中的11个代表性物种进行scRNA-seq,建立了所有细胞类型的表达模式谱,以筛选SARS-CoV-2的潜在目标细胞类型和宿主。

然而目前还没有一个全面的数据库可以让研究人员方便地获得不同动物物种的组织/器官特定细胞类型的病毒受体表达信息。为了填补这一空白,深圳华大生命科学研究院联合国内多家机构的科研团队共同开发了VThunter,促进动物病毒跨物种传播机制的研究。

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VThunter有哪些功能?

VThunter的web界面允许用户以单细胞分辨率直观地浏览和准确地查询病毒受体的表达特征。

查询目标病毒可能感染的动物物种

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在Virus Spectrum页面,用户可以浏览该数据库中收集的具有全面受体和宿主易感性信息的所有病毒。

应用场景:目标病毒可能感染哪些动物物种?
在Virus Spectrum页面选择目标病毒及靶基因信息,搜索结果页将显示具有靶基因表达记录的动物列表,点击列表右侧的“检查详细信息”按钮,即可得到动物分类谱系信息以及目标病毒及其感染受体的基于文献的一般信息,数据集及其数据可视化。

查询目标动物会有哪些病毒感染风险

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在Host Spectrum页面,用户可以在动物物种库中选择感兴趣的物种,并进入动物物种页面,在该页面中,将显示可能感染该动物物种的所有病毒的受体表达谱。

应用场景:目标动物会有哪些病毒感染风险?
在Host Spectrum页面选择目标动物图标,点击“检查详细信息”按钮,即可获取病毒列表,用户可大致了解哪些病毒可能攻击目标动物,哪些基因作为受体,以及目标动物的哪些组织具有目标基因的表达。接下来用户还可以选择目标受体和目标基因,进一步浏览对目标动物进行的scRNA-seq研究的详细信息以及目标基因在每种细胞类型和不同组织中的表达水平。

共表达

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VThunter的"共表达"模块可根据数据库中全面的scRNA-seq表达谱,进一步检查目标病毒受体的共表达基因。

此外,VThunter的“下载”模块提供了该数据库中保存的所有原始数据和结果文件的链接,供感兴趣的研究人员进行进一步分析,以满足其个性化需求。

后续开发团队还会持续扩展VThunter,包括搜集用户反馈;整理未来研究中产生的更全面的scRNA-seq数据集和病毒受体的最新成果,并及时纳入VThunter;手动整理并整合其他多组学数据集至VThunter,如蛋白质组学、与动物病毒感染和传播相关的代谢数据等...

VThunter访问地址:https://db.cngb.org/VThunter/.

参考文献
Dongsheng Chen, Cong Tan, Peiwen Ding, Lihua Luo, Jiacheng Zhu, Xiaosen Jiang, Zhihua Ou, Xiangning Ding, Tianming Lan, Yixin Zhu, Yi Jia, Yanan Wei, Runchu Li, Qiuyu Qin, Chengcheng Sun, Wandong Zhao, Zhiyuan Lv, Haoyu Wang, Wendi Wu, Yuting Yuan, Mingyi Pu, Yuejiao Li, Yanan Zhang, Ashley Chang, Guoji Guo, Yong Bai, Xin Jin, Huan Liu, VThunter: a database for single-cell screening of virus target cells in the animal kingdom, Nucleic Acids Research, 2021;, gkab894, https://doi.org/10.1093/nar/gkab894

图片来源于VThunter和参考文献,如有侵权请联系删除。

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