有了MarkerDB,找生物标志物瞬间变得简单 | 分子生物标志物在线数据库

2021-09-28 178其它数据库

你是怎么找生物标志物的?一篇一篇翻文献,还是一个一个数据库慢慢搜?理想情况下,我们需要的是一个开放的、全面的生物标志物数据库,该数据库涵盖了广泛的生物医学应用中的各种分子生物标志物。

来自加拿大的研究团队开发了一个全面的、注释丰富的分子生物标志物数据库:MarkerDB,其尝试将所有已知的临床和选定的临床前分子生物标志物信息整合到一个数据库中,以推动生物标志物研究和生物标志物使用领域的发展。

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MarkerDB包括四种主要类型的分子生物标志物(化学、蛋白质、DNA和核型),以及四种生物标志物类别(诊断、预测、预后和暴露)。目前,该数据库包含142种蛋白质生物标志物、1089种化学生物标志物、154种核型生物标志物和26374种遗传标志物。这些标志物被分为25 560个诊断性生物标志物、102个预后性生物标志物、265个暴露性生物标志物和6746个预测性生物标志物或生物标志物组,这些标志物可用于检测、监测或预测670种特定的人类疾病。

MarkerDB的具体信息

MarkerDB(1.0版)包含超过27759个分子生物标志物:26493个临床批准的标志物和1226个临床前或研究性生物标志物。绝大多数(95.6%或26628个标志物)是单一的标志物(一个条件一个标志物),而少数(4.4%或1219个标志物)是MarkerDB收集的451个多标志物小组的一部分。

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MarkerDB的主要功能

MarkerDB允许用户轻松浏览和搜索数据库的全部内容。用户可以按条件、条件类别、生物标志物类型、生物标志物类别浏览数据,也可以通过高级搜索功能按序列相似性进行搜索。

MarkerDB提供的信息包括:生物标志物名称和同义词、相关条件或病理、详细的疾病描述、详细的生物标记物描述、生物标志物特异性、敏感性和ROC曲线、标准参考值(蛋白质和化学标记)、变异(SNP或遗传标记)、序列信息(遗传和蛋白质标记)、分子结构(蛋白质和化学标记)、组织或生物流体源(蛋白质和化学标记)、染色体位置和结构(遗传和核型标记),临床批准状态和相关参考文献。

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页面上有九个图标,点击图像得到对应的生物标志物列表,点击表中条件的超链接,在新页面会展示条件的简短描述以及已知的生物标志物(根据其分子类别分组)和有关生物标记物性能、参考值、文献参考和适用性的详细信息。

用户还可以按生物标记目的浏览“诊断生物标志物”(D)、“预后生物标志物”(P)、“预测生物标志物”(Pre)或“暴露生物标志物”(E)。单击图标即生成一个可浏览、可排序的表,该表由包括MarkerDB ID、生物标记结构、生物标记名称以及与该生物标记相关的特定条件组成,允许用户按分子类别(蛋白质、基因、化学物质、核型)过滤列表。点击表中的超链接将获取更多关于生物标志物、结构、序列、生物标志物性能和/或疾病的详细信息。

高级文本搜索还支持(>20个不同的数据字段类别)、序列(DNA和蛋白质)搜索和结构(化学)搜索。

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MarkerDB是一个专注于分子、生物医学生物标志物的数据库。这意味着MarkerDB不包含组织学、流式细胞仪或组织生物标志物,也不包含来自其他医学成像方式的X光、CT、PET、MRI成像生物标志物。MarkerDB目前标志物还较少,并且不包含microRNA(miRNA)生物标志物、甲基化(DNA)标志物和转录物(mRNA)生物标志物,治疗、药物不良反应或药物疗效生物标志物,这些在后续的版本中会陆续更新。

MarkerDB访问地址:https://markerdb.ca/.

参考文献
Wishart D S, Bartok B, Oler E, et al. MarkerDB: an online database of molecular biomarkers[J]. Nucleic Acids Research, 2021, 49(D1): D1259-D1267.
图片来源于MarkerDB和参考文献,如有侵权请联系删除。

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