如何在CNGBdb快速、批量上传数据?试试Aspera吧~ | CNGBdb-Question Time

2021-09-15 230CNGBdb

Aspera是IBM公司的一款高速传输软件,创造了新一代的传输技术(faspTM),不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制,以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据。解决方案的核心是fasp传输专利技术,它是一项突破性传输协议,充分利用现有的WAN 基础设施和通用硬件,传输速度比FTP和 HTTP快达数百倍。

Aspera命令行数据上传操作说明

2021年7月,CNSA新增了Aspera命令行数据上传方式。

特别说明:此方法目前只适用于在CNSA批量提交实验/测序数据;在提交实验/测序数据前,需要先提交项目和样本。

安装软件

上传文件之前,您需要先安装Aspera Connect。如果您的电脑尚未安装该软件,请先下载Aspera Connect并安装。

安装指引:点击如下网址:https://www.ibm.com/products/aspera/downloads → 找到IBM Aspera Connect → 点击Download now → 进入Aspera Connect软件下载页面,选择Windows、macOS 或 Linux系统对应的安装软件下载并安装。

Aspera-1.png

获取Aspera账户

如果您第一次使用Aspera,请在CNSA实验/测序批量提交流程页面选择Aspera命令行上传并点击按钮“申请Aspera账户”获取Aspera账户及操作说明。

Aspera-2.png

使用Aspera命令行上传数据

您可以使用以下命令通过Aspera命令行上传文件:

Aspera-3.png

[path/to/ascp/] 是ascp的执行程序。不同的操作系统,其所在的路径不同,例如:

Aspera-4.png

[path/to/key/file] 必须为密钥文件的绝对路径。例如:/home/keys/aspera.openssh。在数据提交流程中,您可以点击获取密钥文件,下载您上传数据所需要的密钥文件。

[path/to/folder/containing files] 为您需要上传的所有文件的本地路径。
 为了便于归档数据,建议使用-d参数为每个新提交创建一个新的子目录,系统将从您填写的-d参数中获得子目录名(可以使用CNSA提交编号)。
 例如: -d D:\work\CNSA\sub000001
 这样将会创建子目录sub000001,您上传的所有文件都将在这个子目录下。

[aspera_account]为系统分配的aspera账户名,您可以实验/测序数据的提交流程里获得。

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