Genomics发表全球首个巴沙鱼染色体水平基因组 | CNGBdb支撑发表科研成果速递

2021-08-10 628CNGBdb

近日,华大海洋在国际知名期刊Genomics发表全球首个基于全基因组测序和组装的巴沙鱼染色体水平基因组,揭示了与巴沙鱼多脂肪性状相关的组学证据。

科研人员发现了巴沙鱼基因组中存在串联重复的3个脂肪酸结合蛋白1基因(fabp1-1、fabp1-2和fabp1-3),这可能对巴沙鱼多脂肪性状的分子调控起到了关键作用,这一重要成果对巴沙鱼的基因组育种有重要指导价值。

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此项研究中所产生的测序数据已存储于国家基因库生命大数据平台(CNGBdb),项目编号为:CNP0001641

研究背景

低眼巨鲶,俗称巴沙鱼,是一种东南亚特产淡水鱼类,原产于越南湄公河流域。该鱼生长速率快、群体产量高、环境适应性强,适应于大规模的养殖。因此,近年来该鱼被大规模引入中国、菲律宾、马来西亚、新加坡等亚洲国家。 

该鱼体内的脂肪含量较高,其头部与脂肪组织的粗脂肪含量约占这些组织总质量的59%,而其中不饱和脂肪酸含量约占60%。一方面,摄入鱼类油脂中不饱和脂肪酸对人体有利,但另一方面,过高的脂肪含量又会对巴沙鱼鱼片的经济价值产生负面影响。因此,利用基因组学研究寻找巴沙鱼多脂肪性状相关的基因,能为筛选特定脂肪含量巴沙鱼品种的基因组育种提供支撑。

研究内容

本研究对巴沙鱼的全基因组测序序列组装,最终得到了731.7 Mb的染色体水平的巴沙鱼参考基因组,contig和scaffold N50分别为3.5 Mb和29.5 Mb。

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从巴沙鱼基因家族中发现了低眼巨鲶fabp1基因的扩张情况,并进一步发现该基因在巴沙鱼基因组10号染色体上出现了串联重复,变为了三拷贝(fabp1-1、fabp1-2和fabp1-3,分别编码FABP1-1、FABP-2和FABP1-3)。另外,本研究还在在FABP-2和FABP1-3中检测到了3个突变,并推测其中R126T突变可能对它们的脂肪酸结合能力产生影响。

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研究意义

对于fabp1基因串联重复的发现为解释巴沙鱼的多脂肪性状的成因提供了新的切入点。这一重要发现,将促进巴沙鱼进一步的生物学研究,并对其基因组育种产业化发展提供重要的指导意义。

华大海洋研究院2018级硕士研究生郜子鉴和常务副院长、高级工程师游欣欣博士为该论文的共同第一作者,院长石琼教授为该论文的通讯作者。

参考文献
Gao Z, You X, Zhang X, et al. A chromosome-level genome assembly of the striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)[J]. Genomics, 2021.
图片和信息来源:“华大海洋”公众号。

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