m6A研究工具篇 | 首个针对m6A WER靶基因的综合数据库M6A2Target

2021-07-29 131其它数据库

m6A作为最丰富的RNA修饰,是目前研究最多的课题之一。m6A修饰是一个动态/可逆的过程,由一系列的writers,erasers和readers(WERs)调节。不同的WERs可能有不同的功能,甚至同一个WERs在不同的条件下也可能有不同的功能,这主要是由于WERs所针对的下游基因不同。因此,鉴定WERs的靶点对于阐明这种动态修饰尤为重要。然而,目前还没有一个公共资源库来存放WERs的已知靶点。

来自中山大学肿瘤防治中心的研究团队开发了M6A2Target数据库,提供了人类和小鼠物种中所有已识别WER的靶点及其相关的详细综合信息,是首个针对m6A WER靶点基因的特定资源库。

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M6A2Target不但收集了已有文章报道的实验验证的靶基因(Validated Targets),还通过高通量测序数据分析获得了大量的潜在靶基因(Potential Targets)。目前,m6A2Target包含1034个经实验验证的WER-target pairs,124,772个与WER相互作用的WER-target pairs,以及330,102 个具有差异表达水平、差异甲基化水平、差异翻译效率或差异可变剪接水平的WER-target pairs。

M6A2Target的主要功能

用户可以通过M6A2Target的web界面浏览、搜索和下载m6A WER及其目标的所有相关数据。M6A2Target主要由五个模块组成:

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Validated Targets:储存了已经实验验证的m6A WER靶基因(包括免疫共沉淀、RNA pulldown、荧光素酶报告基因系统、敲低或过表达并得到qPCR的验证等)。用户可以查询特定物种、特定细胞系或特定类型WER中的已验证靶标。

Potential Targets:该模块储存了通过高通量测序数据分析预测的靶基因,包括Binding与Perturbation两部分:1)具有Binding证据的潜在靶点主要来自对所有可用WER的CLIP-seq、RIP-seq、ChIP-seq和质谱数据的分析;2)Perturbation主要是收集了Ribo-seq, RNA-seq, Merip-seq等数据中由于WER扰动,如敲除、敲降、过表达和突变等导致下游m6A水平、基因表达水平、可变剪接或者翻译效率发生改变的WER,作为潜在靶基因。用于查询是否存在潜在靶基因。

Genomic Browser:提供了一个IGV基因组浏览器来可视化靶标。

Search:用户可以搜索任何感兴趣的基因,以检查它是否是任何WER的有效或潜在靶标。

Download:允许用户下载所有已验证的靶标和人类或小鼠物种的潜在靶标。

M6A2Target的实操使用

靶基因明确,快速获取靶基因的相关信息。以EGFR为例,我们直接在主页面快速检索框中输入目的基因,搜索结果分为三个列表(Validated Targets、Binding和Perturbation),分别展示了物种、细胞系、WER类型/名称、文献(已验证靶标)、作用方式/下游影响(潜在靶标)等信息,点击表格最后一列“Detail”可得到详细信息。

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靶基因不明确,反推靶基因,可以使用Validated Targets和Potential Targets实现。例如在Validated Targets模块中设定好物种,细胞系以及WER类型的信息,即可在列表中得到靶基因的相关信息。

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此外,还可以使用Genomic Browser可视化靶基因。

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M6A2Target访问地址:http://m6a2target.canceromics.org

参考文献 Deng S, Zhang H, Zhu K, et al. M6A2Target: a comprehensive database for targets of m 6 A writers, erasers and readers[J]. Briefings in bioinformatics, 2021, 22(3): bbaa055.
图片来源于M6A2Target,如有侵权请联系删除。

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