一起来看看这个有颜又有料,还能帮你挖掘研究思路的单细胞数据库…

2021-07-22 122其它数据库

之前小编已经给大家安利过一个能提供癌症单细胞研究思路的数据库:CancerSEA。今天继续发福利,小编给大家介绍一个有颜又有料的单细胞数据库:LnCeCell。

LnCeCell是由哈尔滨医科大学的科研团队开发的一个单细胞lncRNA相关的ceRNA网络综合数据库,它是研究单个细胞内基因调控网络的重要资源,可以帮助研究人员了解复杂微环境生态系统和个体表型的调控机制。

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LnCeCell包含来自25种癌症的数千个细胞的细胞特异性ceRNA调控方式,包括:1)超过9000个经实验支持的用于肿瘤转移、复发、预后、循环和耐药性相关的lncRNA生物标志物;2)和用于原发性、恶性和转移性癌细胞和免疫细胞的细胞特异性ceRNA网络;3)从文献和相关数据源手动输入的ceRNA亚细胞位置的详细信息;4)以及表现出不同行为(如血管生成、凋亡、细胞周期、侵袭,增殖和干细胞化)的不同细胞簇。LnCeCell提供了一个用户友好的搜索和浏览界面。作为对数据库的重要补充,还提供了一些方便检索和分析数据的灵活工具。

LnCeCell的主要功能

LnCeCell允许用户探索单细胞中与lncRNA相关的ceRNA网络,并推断不同肿瘤微环境下的细胞状态和功能。LnCeCell从scRNA-seq数据集中描述了单细胞的几个方面,包括ceRNA网络、功能状态、细胞聚类图等。ceRNA调控的特征包括以下信息:在不同细胞群中的分布、亚细胞定位、相关ceRNA网络、功能富集、相关癌症标志、实验支持的lncRNA生物标志物以及各种癌症的生存分析。易于使用的界面允许用户搜索、浏览、可视化和下载数据。

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LnCeCell的应用实例

接下来,举两个例子来看看LnCeCell的用法和潜在应用吧!

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Case1:MALAT1-KRAS的ceRNA相互作用已被证实在不同的癌症中发挥重要作用。以MALAT1-KRAS作为搜索输入,LnCeCell返回一个结果表,显示竞争的miRNA的数量,以及疾病、组织和该ceRNA可被发现的细胞数量/百分比。在每一行中,第一列和最后一列直接引导用户进入详细信息和分析工具。

点击表格最后一列分析工具即可进入分析工具页面,在此页面可访问MALAT1-KRAS在不同细胞群中分布的全局图;此外,还发现此ceRNA的可能细胞定位是核质,核糖体,核仁,核,染色质和外泌体;细胞网络部分提供了所有可能的MALAT1-KERAS相关的ceRNA相互作用全局图;还集成了Pan-cancer比较分析部分,为用户提供了跨不同癌细胞的ceRNA分布的全局图;关于置信度值和实验注释的详细信息,可以在“Annotations”模块访问;“Hallmarks”和”Functions”工具基于癌症分子途径和生物学过程对MALAT1进行了功能分析;CeRNA的“Survival”模块显示MALAT1-KRAS的ceRNA表达与急性髓细胞性白血病患者的生存率相关性,两组患者的Kaplan-Meier生存曲线显著不同(P <0.05)。

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Case2:GAS5-PTEN已经在不同的癌症中的作用被实验证实,以GAS5-PTEN作为搜索输入,分别在高级别胶质瘤细胞、黑色素瘤和结直肠癌的数据集中验证了GAS5-PTEN的调控作用,与此前的研究结果一致。这些结果表明,GAS5-PTEN在不同肿瘤微环境中的分布导致不同的细胞状态,并可用于研究由ceRNA调节的微调驱动的不同细胞行为。

LnCeCell访问地址:http://www.bio-bigdata.net/LnCeCell/http: //bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LnCeCell/

参考文献
Wang P, Guo Q, Hao Y, et al. LnCeCell: a comprehensive database of predicted lncRNA-associated ceRNA networks at single-cell resolution[J]. Nucleic Acids Research, 2021, 49(D1): D125-D133.
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