BRAD:十字花科植物基因组资源综合数据库 | CNGBdb收录数据库推荐

2021-06-23 473CNGBdb

十字花科是双子叶植物的一个大家族,包含了模式植物拟南芥及诸多含有遗传和形态高度多样的物种,具备较高的经济价值和科研价值。

为了帮助研究人员和育种人员在科学研究和育种应用中有效地使用已发布的十字花科物种基因组数据资源,来自中国农业科学院蔬菜花卉研究所的科研团队构建了十字花科植物基因组资源综合数据库(Brassica Database,BRAD),为比较基因组分析和研究整个十字花科物种的基因功能/进化提供了宝贵资源。

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BRAD是基于十字花科植物基因组数据搭建的数据库,已成为十字花科基因组研究的重要门户数据库。其特点在于提供十字花科物种间基因共线性关系,旨在通过基因共线性关系,帮助研究人员充分利用拟南芥详尽的基因功能信息。

BRAD的功能概述

BRAD除了提供基因功能注释、基因序列、在线BLAST和基因组浏览器等传统的数据库服务之外,还提供了基因组区域微共线性、基因组序列截取、变异位点查询和引物设计等重要的特色服务,为下游研究提供数据支持。

用户可通过数据库首页导航栏上的功能菜单(浏览、搜索、工具等)实现上述服务。

操作指引:BRAD首页 → 导航栏“功能菜单” → 点击下拉菜单

e.g. 以搜索基因功能注释为例,下图为搜索操作示例

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BRAD的特色功能

共线性分析服务

BRAD提供了所有基因与拟南芥的共线性基因检索服务,充分利用模式植物拟南芥研究目的基因的功能。

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BRAD提供基因组区域微共线性服务,可便捷地对基因组区域进行比对,快速地发现小片段的插入、缺失、倒位、易位等结构变异。

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Search模块中的“Synteny @ Genome”还可实现共线性分析可视化,更好地说明两个十字花科物种之间的基因组共线性关系。

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最佳比对的检索服务

BRAD对所有基因与拟南芥基因的进行了蛋白序列的比对,并提供最佳比对的检索服务,结合共线性基因列表可以更好地研究目的基因的功能。

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便捷的页面检索服务

BRAD以页面弹窗为中心,实现了快速地在每个页面检索相同基因的功能,增强了数据库的使用体验。

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此外,用户还可以通过“Download”功能下载BRAD中的数据;使用“Marker”模块直接跳转至蔬菜分子标记数据库, 获取蔬菜作物分子标记资源;“Links”模块可直链十字花科植物其他相关网站,比如TAIR:拟南芥信息资源网站、brassica.info:包含多国芸薹属基因组计划(MBGP)整理和共享的有关芸薹属基因组学和遗传学的开源信息...

BRAD访问地址:https://db.cngb.org/brassica/.

中国农业科学院蔬菜花卉研究所成立于1958年,是蔬菜花卉学科唯一的国家级公益性专业研究机构。研究所坚持“四个面向”,围绕学科及产业基础性、公益性、战略性问题开展应用及应用基础研究,创新重要基础理论和应用技术,组织全国重大科研协作,为政府决策提供咨询,搭建国内外学术交流平台,培养高层次专业人才,出版全国性学术刊物,旨在建设世界一流学科和一流研究所,推动我国蔬菜花卉科技整体跃升。

参考文献
Wang X, Wu J, Liang J, et al. Brassica database (BRAD) version 2.0: integrating and mining Brassicaceae species genomic resources[J]. Database,  2015.
图片来源于BRAD和参考文献,如有侵权请联系删除。

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