助力高原动物微生物研究,CNGBdb发布青藏高原动物微生物资源库!

2021-06-04 55CNGBdb

2021年5月24日,由云南大学云南生物资源保护与利用国家重点实验室、国家基因库、深圳华大生命科学研究院共同开发的青藏高原动物微生物资源库在国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)正式上线。

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青藏高原被称为“世界第三极”,具有低氧、高寒、强紫外线、食物匮乏等极端环境特征。高原特有的动物类群,比如牦牛、藏羚羊、藏野驴、高原鼢鼠、高原鼠兔等,经历了长期的自然选择,形成了独特的基因库,不仅包括动物宿主自身编码的基因,还包括共生微生物编码的数量庞大的基因库,特别是肠道微生物组编码的基因数量超过了宿主基因的至少150倍。以往的研究对青藏高原动物自身基因组有了系统的解析和认知,但是针对共生微生物组,特别是肠道微生物组仍缺乏全面且深入的研究。

青藏高原动物微生物组计划已经产生了至少30Tb的动物肠道微生物宏基因组数据,借助培养组、代谢组等多组学工具以及无菌动物功能验证,为理解物种在极端环境下适应和演化的组学机制提供全新的视角,也为肠道微生物物种和基因资源的挖掘、保护和可持续利用提供资源支撑和技术参考。

基于此,云南大学云南生物资源保护与利用国家重点实验室携手国家基因库、深圳华大生命科学研究院,共同开发青藏高原动物微生物资源库,分享肠道微生物宏基因组数据、可培养菌株信息、重大项目实时进展、产业转化进展等,以期促进对高原动物共生微生物组(特别是肠道微生物组)的系统、深入研究和应用开发。

目前,青藏高原动物微生物资源库已上线4个项目,包含8种高原动物的基本信息及25.91TB宏基因组测序数据(均为受控数据,获取前需要申请授权)。

用户可通过首页搜索框直接搜索项目或物种,直接进入项目详情页和物种详情页:项目详情页中包含项目描述、数据信息及关联物种,点击关联物种可进入物种详情页;物种详情页包含物种基本信息、参考文献及关联项目,点击关联项目可进入项目详情页。也可通过导航栏“科学研究”栏目 → 点击单个项目即可进入项目详情页;“高原动物”栏目 → 点击单个物种即可进入物种详情页。

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青藏高原动物微生物资源库的建设受到青藏高原第二次综合科考、国家自然科学基金以及云南省重点领域科技计划等项目资助,后续将持续更新物种信息、研究进展、宏基因组数据和可培养菌株资源。

*特别说明:如果您对青藏高原动物微生物资源库中涉及的宏基因组数据或菌株资源感兴趣,可通过导航栏“加入我们”栏目提交信息与我们联系。

云南生物资源保护与利用国家重点实验室

生物多样性的研究是人类认识生命、合理利用生物资源和社会可持续发展的重要基础。云南是我国乃至世界上生物多样性最丰富和种质资源最集中的地区之一。为加强云南及西部生物多样性的保护和利用,依托云南大学和云南农业大学现有的2个云南省和教育部共建国家重点实验室培育基地、3个省部共建重点实验室、3个云南省重点实验室的基础上,整合两校相关优势力量,组建了“省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室” 。2015年12月该重点实验室通过专家验收并正式运行。

CNGBdb

国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)作为国内最大的生物大数据中心之一,汇集了国家基因库及全球其他重要数据源的公开数据,同时提供可信共享计算平台等多种应用工具,致力于为科研工作者提供生物大数据共享和应用服务。

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