上线啦!国家基因库发布『动植物资源活体库』门户

2021-05-28 606CNGBdb

头一次听说国库的“活体库”时,不少小伙伴自动脑补出一个动、植物的“伊甸园”——想必生活着各种活蹦乱跳的飞禽走兽和生机盎然的花木果草。

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其实呀,它的真面目是这样的:

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看这森严的气象、这静穆的氛围、这冷峻的金属风,你是不是有很多问号?

那就要说回“活体”这个概念了。广义的“活体”,通常指有生命的生物体。而在国库,“活体”则特有所指——携带有遗传信息、能用于衍生出下一代的生物可繁殖体。换句话说,就是“生命种子”。比如动物细胞、植物种子、微生物菌株,都属于活体范畴。

为什么要保藏生物活体?

与其他生物样本相比,活体样本不仅携带有物种完整的遗传物质(DNA、RNA),而且由于具有生命活性,是许多生命科学研究的重要遗传材料,能帮助我们更好地理解生物体生长发育、衰老以及疾病发生机制等重大生命科学议题。

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此外,活体资源在减缓物种灭绝、生物育种等方面发挥着举足轻重的作用。将它们保藏在适宜条件下,需要时进行复苏培养,可用以恢复物种种群或者改善物种性状。

同时,活体样本还是多种生物医学制品生产的基质材料。比如,工程细胞系可用来生产抗体、基因重组蛋白药物、人及兽用疫苗等;工程菌可用来发酵,产生重要的生物活性物质,应用于临床医学和农业等多个领域。

线下→线上,活体库门户营业啦!

国库的活体库,全称是“动植物资源活体库”,堪称一座“生命种子”的宝库。它借助先进的生物技术,分离、检测和保存活体资源,开展资源数字化,同时对外共享活体样本和组学数据,支撑生物多样性研究机构开展生命科学研究。

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同时,活体库还建立了三大技术体系,包括动物细胞分离、体外培养、细胞检测和超低温存储的技术体系,植物物种采集、保藏和鉴定的技术体系,微生物菌株筛选、鉴定和保藏的技术体系,以此为基础,可以提供多种个性化的技术服务。

说大事儿:现在,活体库又多了一种打开方式——“动植物资源活体库”门户在国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)正式上线!

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动植物、微生物,丰富资源一览无余

动物:38种动物近1000份细胞系,包括永生化B淋巴细胞、成纤维细胞、间充质干细胞和肾上皮细胞等。

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植物:数百种植物的种子、凭证标本和分子材料,其中种子资源所涵盖的物种类型丰富多样,包括农作物、经济作物、野生植物等多种具有重要科研和经济价值的植物物种。

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微生物:2000余株人体共生、猪肠道、环境来源的菌株,以及具备高GC或低GC基因组、耐高温、质控等特点的特色菌株。其中包含1500余株人体肠道细菌,涉及200个细菌种。

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检索、筛选、申请,便捷易用

动植物资源活体库门户提供中、英文双语界面,操作便捷、直观:

检索样本:在搜索框中输入物种拉丁名、俗名或样本编号,即可查看相关活体样本的详细信息;
筛选样本:点击导航栏“动物”/“植物”/“微生物”,分类别查看整体资源情况,或缩小范围再检索;
技术服务:点击导航栏“技术服务”,即可查看活体库对外提供的各类技术服务;
申请样本/服务:点击右下角“联系我们”,填写您的资源使用申请或技术服务需求,我们将尽快与您取得联系。

资源详情全面展示

活体样本的详情页面全面展示了样本的各类信息,以便用户判断该样本能否满足自身的需求。以小麂耳朵皮肤成纤维细胞(编号:CNGB0007)为例,页面上不仅展示了样本的基本信息、培养特性、检测结果,还包含显微照片、相关研究成果文献,甚至能直接访问CNGBdb所关联的基因组数据。

动植物资源活体库线上门户的发布,将大大提升用户共享活体资源、获取平台技术服务的便利性,使国家基因库的开放共享更进一步。

共享资源、设施,助推科研突破

自2019年以来,活体库为中国科学院深圳先进技术研究院、华中科技大学、复旦大学、广东省农业科学院、山东大学、北京协和医院、上海仁济医院等20余家科研院所、医疗机构等提供4000余份活体资源,包括动物成纤维细胞、植物种子和菌株资源,支撑多项重大科研项目开展。

同时,活体库还参与了国库与深圳华大生命科学研究院、荷兰遗传资源中心合作开展的生菜群体测序项目,搜集了3000余份生菜种质资源,打造了全世界最齐全的生菜资源库及遗传信息库。项目一期对来自全球47个国家的445份生菜种质资源展开全基因组重测序工作,全面揭示了栽培生菜的完整驯化进程。项目成果于2021年4月12日发表于《Nature Genetics》。

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此前,活体库还支撑了人体肠道细菌基因组集(Culturable Genome Reference, CGR)建立项目,采用人体肠道高通量培养组学技术,筛选、保藏了2万余株人体肠道细菌菌株资源,覆盖200余个细菌种属,并获得了1520个细菌基因组序列。这是目前全球最大的人体肠道细菌基因组集,相关成果2019年2月发表于《Nature Biotechnology》。

活体库立足于国库强大的生物样本及信息存储能力、基因组信息解读能力以及基因组合成与编辑的能力,致力于建设数字化的生物多样性基地和生物资源库,以期促进生物物种多样性的保护和生物遗传资源的开发利用。通过分发共享高质量的生物资源、提供优质全面的技术服务,以更好地服务于现代科研和相关产业发展。

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我们期待与更多科研机构、产业单位通力合作,践行国家赋予国库的使命,以领先的设施平台和技术实力,为行业注入核心力量,助力提高科研效率、促进行业繁荣、建立开放稳健的行业生态圈。

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