PlantscRNAdb:植物单细胞RNA分析数据库

2021-05-13 417其它数据库

2021年5月4日,浙江大学樊龙江教授团队在Molecular Plant 在线发表了题为“PlantscRNAdb: A Database for Plant Single-cell RNA Analysis”论文,介绍了他们刚刚建立的植物单细胞RNA(scRNA)分析数据库“PlantscRNAdb”。

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PlantscRNAdb数据库目前涵盖了已开展单细胞研究的4个模式植物(拟南芥、水稻、番茄和玉米),提供了多种来源的细胞类型标记基因信息,如早期实验、RNA-Seq和scRNA-Seq等途径获得的标记基因。

目前提供的标记基因中,大多数(> 90%)来自最近的植物scRNA表达差异鉴定。为明确这类标记基因的可信度等级,樊龙江团队重新分析scRNA数据,并将鉴定出的标记基因进行了分类:当特定细胞类型中某个标记基因的读序数占该基因读序总数的80%以上时,即该标记基因的表达主要由这一特定细胞类型贡献,记为“Marker#1”(即“Marker80”),否则记为“Marker#2”。

通过标准化处理,PlantscRNAdb提供了全基因组水平细胞类型之间或对照处理之间基因表达及其差异信息。针对大多数非模式植物物种可用的细胞类型标记基因非常少,难以确定这些物种细胞类型等,PlantscRNAdb还提供了一个在线BLAST工具,通过在其近源模式物种标记基因中查找同源候选基因的方法,克服上述分析困难。

PlantscRNAdb有哪些功能?

搜索

在搜索页面,用户可以通过细胞类型或标记基因进行搜索。

按细胞类型搜索:用户选择物种、组织和细胞类型,然后点击提交按钮。搜索结果包括概览信息、标记基因统计图和标记基因列表。

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按标记基因搜索:用户选择标本并输入标记基因的名称,然后点击提交按钮。搜索结果包括概览信息、标记基因的支持证据列表、标记基因在不同数据集的UMAP结果。

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BLAST

在BLAST页面,用户可以通过序列进行同源比对 。

在选择物种信息、输入蛋白质序列、选择e值后点击提交按钮,即可得到比对结果。

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JBrowse

在JBrowse页面,用户可以通过选择物种和输入基因组位置,在全基因组范围内浏览不同细胞类型的基因表达情况。

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在“Statistic”页面,用户可以查看PlantscRNAdb的数据统计信息。

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在“References”页面展示了PlantscRNAdb所使用的公共数据集。

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在“Download”页面可以从PlantscRNAdb下载数据。

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PlantscRNAdb访问地址:http://ibi.zju.edu.cn/plantscrnadb/.

浙江大学作物科学研究所博士生陈洪瑜为本文第一作者,褚琴洁博士和樊龙江教授为通讯作者。澳大利亚CSIRO朱乾浩研究员和中国水稻研究所郭龙彪研究员参与了该研究。该研究得到国家自然科学基金的资助。

参考文献
Chen H, Yin X, Guo L, et al. PlantscRNAdb: A Database for Plant Single-cell RNA Analysis[J]. Molecular Plant, 2021.
部分信息来源于“Mol Plant植物科学”公众号,图片来源于PlantscRNAdb和参考文献,如有侵权请联系删除。

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