玉米研究必备:玉蜀黍属综合数据库ZEAMAP | CNGBdb收录数据库推荐

2021-04-15 6484CNGBdb

玉米(Zea mays L.)作为最广泛种植的作物之一,一个多世纪以来研究者和育种者对其进行了广泛的研究。随着高通量检测技术的快速发展,玉米相关的生物学数据朝着多组学、多维度的层面快速积累。这些信息的整合有可能加速玉米遗传研究和改良玉米农艺性状。

来自华中农业大学的研究人员开发了ZEAMAP数据库,收录了玉蜀黍属群体的多组学数据资源, 包括基因组、转录组、遗传变异、表型组、代谢组和表观组等, 以及玉米多种复杂性状的遗传定位结果, 并提供了丰富的在线数据检索, 分析和可视化工具。

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该数据库由华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室、深圳华大基因股份有限公司和深圳国家基因库(CNGB)支持并将持续开发新的多组学分析及可视化工具,旨在通过整合多组学数据助力玉米遗传改良。

ZEAMAP是什么?

ZEAMAP同时收录了4个玉米基因组和1个大刍草基因组,并进行了详细的功能注释,内嵌了基因组“浏览器”以及丰富的数据检索、分析和展示工具,可以直观地对比较基因组、基因共线性区块、表达模式聚类、遗传变异基因型、连锁图谱、遗传定位结果、染色质交互、组蛋白修饰以及群体水平的DNA甲基化等多组学数据进行检索和分析,并提供相应的条目链接,实现在不同组学数据之间进行跳转访问。

ZEAMAP有哪些功能?

基因组学模块

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包含了4个玉米基因组基因组组装、基因表达模式以及比较基因组信息。

通过JBrowse及WashU Epigenome Browser两个基因组浏览器实现基因组组装、基因表达、比较基因组信息的可视化。 布局Tripal synteny浏览器模块,以Circos图展示基因共线性分析结果
可显示基因在不同组织或样品的表达量情况,并根据基因的表达模式进行聚类。

变异模块

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变异包括单核苷酸多态性(SNPs)、插入和缺失(InDels)和结构变异(SVs)。

可根据不同的染色体区域、变异类型、变异影响等进行SNP、InDel、SV等变异的分类检索。

遗传学学模块

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利用GWAS和连锁分析收集玉米表型、基因表达谱及其相关位点。

群体模块

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收集玉米种群,并提供种群结构和种质谱系的信息。

表观遗传学模块

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表观遗传学信息的收集,包括染色质相互作用,染色质可及性,组蛋白修饰和DNA甲基化。

通过WashU Epigenome Browser展示染色质互作、染色质开放性、组蛋白修饰及DNA甲基化等表观遗传学相关信息。

此外,ZEAMAP还添加了许多扩展工具,如全站搜索引擎、BLAST、crispr浏览器、FTP数据下载器等,方便使用者对数据进行扩展挖掘。

访问ZEAMAP:https://db.cngb.org/zeamap

ZEAMAP数据库相关成果以“ZEAMAP,a Comprehensive DatabaseAdapted to the Maize Multi-Omics Era”为题发表在iScience杂志。华中农业大学植物科学技术学院博士后桂松涛博士为论文第一作者,植物科学技术学院严建兵教授和杨宁教授为论文通讯作者。

参考文献
Gui S, Yang L, Li J, et al. ZEAMAP, a comprehensive database adapted to the maize multi-omics era[J]. IScience, 2020, 23(6): 101241.
信息来源:“华中农业大学”和“华大科技BGITech”公众号。
图片来源于ZEAMAP。

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