为了不看文献,我又找到了一个宝藏数据库 | 微生物-疾病关联研究数据库

2021-03-12 319其它数据库

去年,不想看文献的小编已经为大家介绍过一个肠道菌群与疾病/干预之间关系的综合数据资源:gutMDisorder数据库

今年,不想看文献的小编又挖到了一个宝藏数据库:一个得到实验支持的微生物-疾病关联数据库Peryton,微生物-疾病领域的研究者不仅可以利用它形成新的假设,还能协助对研究结果进行交叉验证。

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目前版本的Peryton拥有7900多个条目,将43种疾病与1396种微生物联系起来。其包括:

  1. 2918个胃肠疾病的关联
  2. 4065个癌症的关联
  3. 869个神经退行性疾病的关联
  4. 125心血管疾病的关联
  5. 1718个条目提供了种或以下级别的信息
  6. 3777个条目将疾病组与健康人进行比较,4200个条目将疾病状态进行比较

Peryton怎么用?

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Peryton首次(i)以用户友好的方式支持高级查询,(ii)支持高级探索性可视化,(iii)结合了远远超出疾病健康表型方案的关联。Peryton专门致力于人工收集微生物与神经退行性疾病、胃肠道疾病、心血管疾病和肿瘤的重要关联。

搜索

Peryton搜索的主要组成部分是顶部的查询框,可以使用微生物和疾病名称为关键词进行搜索。同时提供了9个过滤选项(分类等级、实验方法、疾病类型、样本来源、相对丰度、样本量、发表最大/最小年份等)其中5个是通过复选框列表来实现功能,以减少手动输入错误,3个是手动填写数值,最后一个是单元勾选框:返回仅与健康对照比较的结果;突出常见的污染微生物。此外,Peryton可免主题词查询浏览。

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可视化

Graph network

用户可以在Graph network中选择疾病或微生物节点,即可快速识别和展示与疾病/微生物相关联的微生物/疾病,点击微生物或疾病的节点可直接跳转至NCBI的taxonomy和MeSH相关页面。

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Chord diagram

和弦图提供了可用的癌症-微生物关联的交互图,用户可以选择一个或多个组件(即弧和/或字符串)以永久高亮显示。

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Hierarchy diagram

用户可以利用层次结构关系图浏览Peryton的数据信息,可以对目标关联进行放大并引导到关联结果详情页。

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Peryton访问地址:https://dianalab.e-ce.uth.gr/peryton/.

参考文献
Skoufos G, Kardaras F S, Alexiou A, et al. Peryton: a manual collection of experimentally supported microbe-disease associations[J]. Nucleic acids research, 2021, 49(D1): D1328-D1333.
图片来源于 Peryton和参考文献,如有侵权请联系删除。

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