万种鱼基因组计划,揭秘鱼类演化之路!

2021-02-25 145CNGBdb

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万种鱼项目

“万种鱼基因组计划”(Fish10K)旨在绘制万种代表性鱼类基因组图谱,涵盖世界各地鱼类的所有目和代表性科,建立一个大规模,高质量的鱼类基因组数据库,聚焦鱼类基因组研究。CNGBdb为Fish 10K提供数据存储与共享服务。

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Fish 10K计划历时10年,分三个阶段,采集万种代表性鱼类。目前已测序515种鱼,其中有132种鱼由青岛华大基因研究院完成测序。

Fish10K已发表数据

Basal ray-finned fishes

研究论文:Bi X, Wang K, Yang L, et al. Tracing the genetic footprints of vertebrate landing in non-teleost ray-finned fishes[J]. Cell, 2021.

### African lungfish

研究论文:Wang K, Wang J, Zhu C, et al. African lungfish genome sheds light on the vertebrate water-to-land transition[J]. Cell, 2021.

先导研究中的10个代表性鱼类

db.cngb.org/search/project/CNP0000597

db.cngb.org/search/project/CNP0000691

研究论文:Fan G, Song Y, Yang L, et al. Initial data release and announcement of the 10,000 Fish Genomes Project (Fish10K)[J]. GigaScience, 2020, 9(8): giaa080.

American paddlefish

研究论文:Cheng P, Huang Y, Lv Y, et al. The American paddlefish genome provides novel insights into chromosomal evolution and bone mineralization in early vertebrates[J]. Molecular

Epinephelus moara

研究论文:Zhou Q, Gao H, Xu H, et al. A Chromosomal-scale Reference Genome of the Kelp Grouper Epinephelus moara[J]. Marine Biotechnology, 2020: 1-5.

Lophius litulon

研究论文:Lv M, Zhang Y, Liu K, et al. A chromosome-level genome assembly of the anglerfish Lophius litulon[J]. Frontiers in genetics, 2020, 11.

African arowana

研究论文:Hao S, Han K, Meng L, et al. African Arowana Genome Provides Insights on Ancient Teleost Evolution[J]. Iscience, 2020, 23(11): 101662.

African pike

研究论文:Du X, Hong X, Fan G, et al. Chromosome-level genome assembly of the African pike, Hepsetus odoe[J]. bioRxiv, 2020.

Mekong tiger perch

研究论文:Sun S, Wang Y, Zeng W, et al. The genome of Mekong tiger perch (Datnioides undecimradiatus) provides insights into the phylogenetic position of Lobotiformes and biological conservation[J]. Scientific Reports, 2020, 10(1): 1-10.

Chiloscyllium plagiosum

研究论文:Zhang Y, Gao H, , et al. The White-Spotted Bamboo Shark Genome Reveals Chromosome Rearrangements and Fast-Evolving Immune Genes of Cartilaginous Fish. iScience. 2020.

关于青岛华大基因研究院

自2016年12月成立以来,青岛华大基因研究院致力于海洋生物资源研究的“存、读、懂、写、学、用”,在科研、产业等方面先后承担/参与了10项国家、省市级项目,主导/参与制定各级标准8项,截至2021年2月8日,已存取了87045份样本,开展了353个水生物种的测序工作,累积完成2017.7Tb测序数据产出。已与国内外164个科研院所开展了526个项目合作,在国内外著名期刊发表学术论文126篇(影响因子累计1114.22),申请专利21件,已授权11件,申请软著8件。已获批国家技术转移中心海洋生物专业领域分中心,山东省海洋生物多组学技术开发及应用工程技术研究中心,山东省新型研发机构等各项资质。

信息来源:“青岛华大”公众号

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