CNGBdb科学数据库,你用过几个?【植物篇】 | CNGBdb-Question Time

2021-02-09 121CNGBdb

植物学研究热点

2020年11月13日,中国科学院科技战略咨询研究院、中国科学院文献情报中心与科睿唯安向全球发布了《2020研究前沿》报告,遴选展示了11大学科领域中的110个热点前沿和38个新兴前沿。Top10热点前沿主要分布在食品科学与工程、动物传染病、植物生理、作物科学、药用植物、动物营养六个子领域。植物生理2 个热点前沿,分别是一氧化氮的生理作用和光诱导气孔动力学;作物科学也有2个热点前沿,分别是小麦基因组和转录组,及作物生长和重金属污染防治;药用植物1 个热点前沿,研究植物提取物对疾病的治疗作用。

CNGBdb的科学数据库,你用过几个?#

CNGBdb的科学数据库是基于平台数据构建的多组学应用数据库,覆盖动物、植物、微生物、病原、疾病与健康等研究领域。

植物篇

OneKP: 千种植物数据库

千种植物项目(1KP)是一个国际多学科联盟项目,对超过1000种植物进行了大规模测序研究。数据库基于千种植物数据构建了在线BLAST平台,提供在线BLAST服务。

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BiosalineDB:耐盐碱植物数据库

耐盐碱植物数据库, 旨在促进耐盐碱基因组学相关研究和实际应用。提供耐盐碱植物物种资源信息,植物耐盐碱相关基因组学数据和文献分类数据。

其中,耐盐碱植物数据库(BiosalineDB)的子库:滩涂植物资源库,共收录了165种野生滩涂植物,并重点介绍了其形态、分布、特点、用途以及繁殖方式,同时每一物种都配有形态、生境、应用等方面的照片。用户可以通过资源库搜索框,使用中文名或拉丁名快速获取相关滩涂植物的全面信息。

滩涂植物的线上“档案馆”来啦!CNGBdb发布滩涂植物资源库

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10KP: 万种植物数据库

10,000种植物(tenKP或10KP)项目是地球生物基因组计划(EBP)的关键组成部分。10KP旨在对代表植物和真核微生物每个主要进化分支的10,000个以上的基因组进行测序。该项目将在五年内生成大规模植物基因组数据,解决有关植物进化的基本问题。

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10KMP: 万种药用植物数据库

万种药用植物数据库是基于广西创新驱动发展专项《药用植物大数据中心建设》(桂科AA18242040)项目数据设计,旨在建立全球最大的药用植物大数据中心,解读药用植物大数据与药效之间的关系,通过药用植物资源智慧创新、产品智慧创制,实现药用植物资源可持续利用,实现资源数据化、数据产业化、产业现代化,服务和推动中医药和大健康产业发展。

【传承创新】万种药用植物数据库:跨组学+大数据,促进“一带一路”药用资源深度开发

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WGVD: 小麦数据库

西北农林科技大学小麦变异数据库以镜像库的方式部署在CNGBdb,包含968个小麦种质的重测序和外显子测序的数据,变异包括7,353,314 SNPs 和 1,044,400 indels,并提供了小麦群体选择信号的统计(Pi和FST)和展示。

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MPDB : 中草药植物数据库

药用植物种质资源作为中医药产业的源头,对我国中医药的发展有着举足轻重的作用。药用植物数据库(MPDB) 收集和共享药用植物多器官、多时期、多维度、多层次的多组学研究数据,建立药用植物种质资源评价和新品种培育数据库,在中药材质量控制、有效成分合成生物学等领域提供分子基础和技术支撑。

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MilletDB:谷子数据库

谷子数据库是基于深圳华大基因研究院和张家口市农业科学院等单位谷子基因组研究项目数据设计,该数据库创新的将谷子的表型和基因型贯穿起来,通过谷子的表型信息可以查询和检索谷子的基因型信息,通过基因型可以查到对应的表型信息。数据库的另一个特色是基于生物大数据的技术,利用数据库2000多份谷子材料,记录的40种左右的谷子表型信息,利用机器学习方法(包括K近邻,随机森林和支持向量机算法等)针对上述基因型和表型的数据建立模型。模型最终实现从品种的基因型来预测品种表型,助力于智能分子育种。

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此外,CNGBdb的数据资源→数据广场→植物板块也整理了多种农作物/模式植物基因数据集。

Dr.羊&听课君图片原创:CNGBdb 魏晓锋 编辑:尐尐呅

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