CNGBdb科研支撑成果汇 | Nature及其子刊合集：20+篇Paper，累计IF 400+

CNGBdb下属的CNSA板块不仅是数据管理助手，还是文章发表助手，截至2020年12月31日，CNSA已支持论文发表195篇，发表期刊113个，包括Lancet、Nature、Science、Cell等。

CNGBdb支撑科研成果发表Nature及其子刊合集

Nature

2020年3月25日，由浙江大学基础医学院郭国骥团队与浙江大学附属医院张丹团队、王伟林团队、陈江华团队、梁廷波团队和黄河团队等紧密合作完成的人类细胞图谱相关研究成果于《Nature》在线发表。研究团队利用人类细胞图谱相关分析数据资源搭建了人类细胞蓝图（Human Cell Landscape，HCL）数据库：http://bis.zju.edu.cn/HCL/，并在CNGBdb设立镜像站。此项研究中的测序数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000325 。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41586-020-2157-4

2020年11月12日，深圳华大生命科学研究院生物多样性团队、昆明动物研究所等单位联合在《Nature》上同期以封面形式发表了两篇文章报道万种鸟类基因组计划第二阶段（科级别）最新研究结果。研究团队发表了363种鸟类基因组数据，同时通过这一数据建立了无参考序列下多基因组比对和分析的新方法，并基于这一新方法阐明高密度物种取样对生物多样性研究的重要性，为深入了解基因组多样性演化奥秘提供了契机。上述研究中产生的267个物种的基因组测序数据、组装数据和注释信息已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000505。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41586-020-2873-9

2021年1月28日，得克萨斯大学西南医学中心吴军博士团队联合中山大学附属第一医院、深圳华大生命科学研究院等机构科学家团队在《Nature》杂志上联合发表题为“Cell Competition Constitutes a Barrier for Interspecies Chimerism”的研究文章，首次报道发现细胞竞争是阻碍跨物种嵌合体形成的壁垒之一，且不同物种间干细胞在特定阶段普遍存在细胞竞争现象。此项研究产生RNA-seq数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000803。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41586-021-03273-0

Nature Biotechnology

2019年2月5日，华大团队在国际顶级学术期刊Nature旗下子刊Nature Biotechnology上发表了全球最大人体肠道细菌基因组集（Culturable GenomeReference, CGR）研究成果。该研究获得了6000多株肠道细菌，最终构建了1520株高质量的肠道细菌基因组草图，为肠道微生物组研究提供了大量全新的参考基因组数据，同时将肠道菌群的功能分析提升到新维度，这也是首次通过大规模培养的技术手段获得如此多数量的高质量细菌基因组数据。该项目中产生的大量菌株资源和基因组数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000126。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41587-018-0008-8

Nature Genetics

2018年11月5日，内蒙古民族大学等单位的科研人员在Nature Genetics在线发表了题为"Whole-genome sequencing of 175 Mongolians uncovers population-specific genetic architecture and gene flow throughout North and East Asia"的研究论文，通过对175名蒙古人进行全基因组测序，初步构建了蒙古族人群的遗传图谱，揭示了北亚和东亚人口的基因流动历史。此项研究的原始测序数据和变异信息已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000063。

*上述研究数据为受控数据。如有下载需求请向国家基因库数据受控中心(CDA)申请授权。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41588-018-0250-5

2019年3月，由浙江大学主导的海岛棉和陆地棉基因组研究论文发表在国际权威学术期刊《Nature Genetics》，研究人员通过整合Illumina PCR-free short-read测序、10x Genomics测序、Hi-C以及光学和超密集遗传图谱的数据，对这两个棉种的基因组进行从头组装，在组装的连续性和准确性上获得实质性的改进，尤其突出的是着丝粒的组装。本研究是首次在整个基因组层面对这两种重要的异源四倍体棉种进行比较。研究结果有助于阐明棉花基因组的进化及驯化历史，助力棉花育种，提高棉花的纤维产量、质量及其对环境变化的适应能力，并有助于更好地了解其他作物的驯化历史和改良用途。此项研究的测序数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000046。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41588-019-0371-5

2019年4月29日，由国际半干旱地区热带作物研究所和华大基因等单位合作完成的迄今最大规模鹰嘴豆群体重测序研究成果发表于《Nature Genetics 》。该项目在鹰嘴豆群体重测序研究当中是迄今为止规模最大的，研究团队基于全球45个国家的429个鹰嘴豆样本的群体全基因组重测序数据进行分析和挖掘，清晰描绘了鹰嘴豆的起源与演化路径，鉴定了与鹰嘴豆耐旱、耐热、抗病等功能相关的基因，为培育高产、抗逆鹰嘴豆品种提供了充分的理论依据和宝贵的遗传资源。此项研究的测序数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000370。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41588-019-0401-3

2019年5月31日，《Nature Genetics 》在线发表了由华中农业大学严建兵团队主导，华大基因等单位参与的玉米基因组研究成果：“Genome assembly of a tropical maize inbred line provides insights into structural variation and crop improvement”。该研究公布了迄今为止质量最高的热带玉米参考基因组，并公布了首份玉米结构变异图谱，结合这些信息首次从自然变异中定位到影响玉米粒重的关键基因。此项研究的数据已存储于CNGBdb，项目编号分别为：CNP0000417、CNP0000418、CNP0000419、 CNP0000420。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41588-019-0427-6

Nature Plants

2019年7月15日，中国热带农业科学院热带生物技术研究所金志强研究员团队联合华大基因、法国国际农业研究中心等单位完成并发布了双单倍体香蕉野生种M. balbisiana 的精细基因组图谱。9份香蕉种质材料重测序、44份香蕉样品转录组测序数据还表明，香蕉A、B亚基因组有显著结构差异，香蕉成熟速度、品质、口感等性状也有相应的遗传基础。以上研究成果发表于《Nature Plants》，此项研究中所有测序数据均已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000292。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41477-019-0452-6

2019年12月16日，Nature Plants杂志在线发表了来自深圳华大生命科学研究院联合德国、丹麦与加拿大等团队的题为“Genomes of early-diverging streptophyte algae shed light on plant terrestrialization”的研究论文，该研究报道了两个链形植物门 (Streptophyta) 最早分化出的轮藻基因组，揭示了绿色植物起源和演化的关键节点，并解释了10亿年前，早期陆地植物在登陆过程中，如何逐步适应陆地环境的分子机制。此项研究中Mesostigma viride (CCAC 1140) 和Chlorokybus atmophyticus (CCAC 0220)的全基因组组装数据及转录组数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000228。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41477-019-0560-3

Nature Ecology & Evolution

2019年4月，深圳国家基因库、华大基因联合浙江大学生命科学研究院、维也纳大学和瑞典国家自然历史博物馆，通过基因组学的手段重构了包括天堂鸟在内的11种鸣禽性染色体的演化历史。此项研究成果已在线发表于国际著名期刊《Nature Ecology and Evolution 》。此项研究中天堂鸟测序的原始数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000186。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41559-019-0850-1

2020年6月22日，Nature Ecology & Evolution 杂志刊发了一项重大科学发现，深圳华大生命科学研究院联合德国、丹麦与比利时等多国团队，报道了绿色植物当中此前一直未被发现的全新门类，解释了早期绿色植物演化的重要分子机制，为植物起源和演化增补了新的分支节点，构建出更加全面清晰的植物演化图景。本次研究中Prasinoderma coloniale的全基因组组装、注释和原始数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000924。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41559-020-1221-7

Nature Communications

2019年1月，深圳华大生命科学研究院在国际著名期刊《Nature Communications》发表了自主研发的单细胞多组学分析新技术：scCAT-seq。该技术对于发现新的细胞类型，辅助生殖、癌症靶标预测、肿瘤免疫治疗等起到关键作用。可以说，此研究是单细胞研究的一次重大突破。此项研究中所有的原始数据均已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000213。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41467-018-08205-7

2019年1月，来自深圳华大基因和国家基因库的研究人员在国际著名期刊《Nature Communications》报道了一种植入前胚胎分子研究新技术：LiCAT-seq。研究人员利用LiCAT-seq技术对人类胚胎植入前染色质结构和基因表达进行了全基因组的分析，发现染色质可及性与胚胎基因组激活之间存在联系。这些发现扩展了对染色质结构和人类胚胎早期基因活动顺序的认识。LiCAT-seq技术可应用于人类胚胎植入前诊断，并为人类胚胎植入前发育所涉及的遗传性分子机理研究提供支持。此项研究中所有的原始数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000193。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41467-018-08244-0

2019年5月，中国科学院上海巴斯德研究所与广州市妇幼保健院儿科感染与免疫联合中心、中国科学院上海巴斯德研究所分子病毒学与免疫学重点实验室、深圳华大生命科学研究院的科学家们在国际著名期刊《Nature Communications》发表了他们的最新研究成果：血清TIMP-1、PDGF-BB和丙酸杆菌噬菌体联合应用可作为多发急性呼吸道感染（ARTIs）的强预测因子。此项研究中所有的测序数据（不包含人类序列）均已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000429。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41467-019-10294-x

2019年7月16日，中山大学肿瘤防治中心、深圳华大生命科学研究院等研究机构共同合作在Nature Communications发表题为The Genomic Landscape of Epstein-Barr virus- associated pulmonary lymphoepithelioma-like carcinoma的研究论文，该研究描绘了迄今为止最为详尽、规模最大的EB病毒感染相关肺癌的基因图谱。该图谱不仅揭示了肺LELC是独特的肺癌亚型，还证实了肺LELC与鼻咽癌高度相似，可以称得上长在肺里的鼻咽癌！这些研究结果为进一步了解肺LELC的致癌机制和发掘肺LELC新的治疗靶点提供了重要的实验数据。此项研究的外显子组测序和靶向测序的VCF已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000327。

*上述研究数据为受控数据。如有下载需求请向国家基因库数据受控中心(CDA)申请授权。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41467-019-10902-w

2019年9月13日，浙江大学、中国科学院植物研究所联合青岛华大基因研究院，完成了研究论文 “Resequencing 545 ginkgo genomes across the world reveals the evolutionary history of the living fossil”，并在线发表于国际著名学术期刊《Nature Communications》。这是继2016年三方联合发表银杏基因组草图之后的又一合作成果。该项工作不仅为银杏的后续研究建立了进化框架，为其种质资源开发提供了宝贵的遗传资源，而且为其他活化石物种的研究和保护提供了可借鉴的范例，有助于最终揭示物种适应和灭绝的规律和机制。此项研究的相关测序数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000136 。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41467-019-12133-5

2020年2月，Nature Communications 杂志在线刊发了一项糖尿病饮食调节相关研究成果，深圳华大农业应用研究院与西北农林科技大学联合国际多家科研机构，首次发现特定频次的禁食方案可通过调控肠道菌群代谢产物来改善糖尿病患者的认知与行为障碍，构建出禁食方案——肠道菌群——代谢产物——脑认知功能与行为障碍改善的肠脑轴作用关系，为糖尿病相关认知障碍的生理病理研究与治疗提供了全新的思路。此项研究中的RNA-seq和16S rRNA测序数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000608。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41467-020-14676-4

2020年5月8日，Nature Communications杂志刊发了由福建农林大学闽台作物有害生物生态防控国家重点实验室、华大、英属哥伦比亚大学、墨尔本大学、天津大学、阿德莱德大学、布鲁克大学、查尔斯特大学、大英博物馆等来自多个国家的科研机构和单位参与完成的小菜蛾群体研究成果。此项研究分析得出结论，小菜蛾的起源地为南美洲，改写了学界先前对小菜蛾起源地和演化历史的认识，结束了与小菜蛾起源相关问题的争议。532个样本的原始测序数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000018。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41467-020-16178-9

2020年10月，来自中国、丹麦、英国、德国、加拿大等多国研究机构联合开展的一项研究发现核因子E2相关因子2(NRF2)激动剂4-辛基衣康酸（4-OI）和富马酸二甲酯（DMF）诱导了一个独特的抗病毒程序，该程序有效地限制了病毒复制，并抑制了包括SARS-CoV2在内的人类病原病毒的促炎症反应。此项研究的结果表明NRF2激动剂是可信的广谱抗病毒和抗炎药，重新利用临床批准的化合物DMF可能代表了一种快速适用的治疗COVID-19相关疾病的策略。此项研究成果已发表在《Nature Communications》上。5例COVID-19患者的转录组分析数据已存入GEO数据库，数据编号：GSE150316。在存在或不存在4-OI的情况下分析HSV感染的HaCaT细胞所生成的RNA测序数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0001039。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41467-020-18764-3

为了找到通过调节肠道微生物来有效治疗T2D的方案，国家内分泌代谢病临床医学中心（上海）、上海交通大学医学院附属瑞金医院内分泌科王卫庆教授团队主导，华大基因研究院李俊桦团队参与合作，使用宏基因组、代谢组等多组学技术开展了PROMOTE Study，探究了小檗碱（BBR，一种抑菌素）联合益生菌对初发2型糖尿病患者的治疗作用，相关文章Gut microbiome-related effects of berberine and probiotics on type 2 diabetes (the PROMOTE study)于2020年10月发表在Nature Communications（IF = 12.121）上。支持此项研究结果的数据（1192个粪便样本的宏基因组测序数据）已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000478。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s41467-020-18414-8

Nature Aging

2021年1月，北京大学糖尿病中心、深圳华大生命科学研究院、哥本哈根大学等单位在《Nature Aging》发表了其最新研究成果，利用宏基因组学，研究人员从一个以汉族人口为基础的队列中获得了2338名成人（26-76岁）的肠道微生物组成，同时还记录了代谢健康、激素水平和他们生活方式等信息。此项研究结果强调了人类肠道菌群中存在的与性别和年龄相关的轨迹，这些轨迹在不同种族的人群中是共享的，并强调了性激素、肠道菌群和宿主代谢之间的关键联系。2338份粪便DNA样本的宏基因组测序数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000381。

*上述研究数据为受控数据。如有下载需求请向国家基因库数据受控中心(CDA)申请授权。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s43587-020-00014-2

参考文献：
[1] Han, X., Zhou, Z., Fei, L. et al. Construction of a human cell landscape at single-cell level. Nature 581, 303–309 (2020). 
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[3] Zheng, C., Hu, Y., Sakurai, M. et al. Cell Competition Constitutes a Barrier for Interspecies Chimerism. Nature (2021). 
[4] Zou, Y., Xue, W., Luo, G. et al. 1,520 reference genomes from cultivated human gut bacteria enable functional microbiome analyses. Nat Biotechnol 37, 179–185 (2019). 
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[6] Hu, Y., Chen, J., Fang, L. et al. Gossypium barbadense and Gossypium hirsutum genomes provide insights into the origin and evolution of allotetraploid cotton. Nat Genet 51, 739–748 (2019). 
[7] Varshney, R.K., Thudi, M., Roorkiwal, M. et al. Resequencing of 429 chickpea accessions from 45 countries provides insights into genome diversity, domestication and agronomic traits. Nat Genet 51, 857–864 (2019). 
[8] Yang, N., Liu, J., Gao, Q. et al. Genome assembly of a tropical maize inbred line provides insights into structural variation and crop improvement. Nat Genet 51, 1052–1059 (2019). 
[9] Wang, Z., Miao, H., Liu, J. et al. Musa balbisiana genome reveals subgenome evolution and functional divergence. Nat. Plants 5, 810–821 (2019).
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