CNGBdb科学数据库,你用过几个?【微生物篇】 | CNGBdb-Question Time

2021-01-27 568CNGBdb

CNGBdb的科学数据库是基于平台数据构建的多组学应用数据库,覆盖动物、植物、微生物、病原、疾病与健康等研究领域。

微生物篇

MDB: 微生物组数据库

微生物组数据库(MDB)是一个关注人体共生微生物研究的数据库,该数据库提供了这些宏基因组样本的元数据以及宿主相关微生物组的基因目录。此外,在该数据库中也可以找到特征良好的分离菌株。

科学数据库-1.png

MMHP: 百万微生态数据库

在第十四届国际基因组学大会(ICG-14)上正式启动了“人类百万微生态”(MMHP)。来自中国,瑞典,丹麦,法国和拉脱维亚的科学家合作开展一项大规模的微生物宏基因组计划,旨在未来三到五年,对来自肠道,口腔,皮肤,生殖道和其他器官的100万个样本进行测序和分析,来构建人体微生物组图谱,并建立世界上最大的人体微生物组数据库。

达成阶段性共识,“ 百万微生态 ” 国际合作计划有序推进

科学数据库-2.png

VirusDIP : 病毒数据平台

病毒数据平台(Virus Data Integration Platform) 整合了CNGBdb、GISAID、NCBI病毒序列数据资源,提供元信息检索、数据下载及分析功能(BLAST序列比对,进化分析和基因组浏览器,安全多方计算工具)。同时提供病毒数据递交通道,实现病毒数据快速共享,为评估疫情风险、启动公共卫生应对措施及制定医疗对策提供依据。

为共促全球范围新型冠状病毒及流感数据共享,CNGBdb展开国际合作并成为全球共享流感数据倡议组织(GISAID)的中国首个正式授权平台。CNGBdb设立GISAID“镜像站”,以中英文两种语言为国内用户提供便捷的GISAID访问通道,全面提升访问及数据下载速度。

深圳国家基因库成为全球共享流感数据倡议组织(GISAID)的中国首个正式授权机构

科学数据库-3.png

PVD: 病原数据库

病原数据库整合了各种病原微生物的基因数据及相关的注释信息,关注人源样本未知感染病原的鉴定及检测,提供全面的基因测序数据的病原鉴定功能,通过数据分析和可视化手段,一目了然地展示鉴定结果。同时还提供特殊关注的几种病原(HBV/HIV/HCV/HP)的毒力鉴定和相关的耐药信息,为医患及研究者提供快速全面的病原检测服务。

科学数据库-4.png

参考文献:Rackaityte E, Lynch SV. The human microbiome in the 21st century. Nat Commun. 2020 Oct 16;11(1):5256.
Dr.羊&听课君图片原创:CNGBdb 魏晓锋
编辑:尐尐呅

上一篇下一篇

相关专题