做lncRNA富集分析,你需要它:lncSEA

2021-01-21 269其它数据库

随着对人类疾病和生物过程的研究,从实验测序产生了大量的功能性lncRNA集合。虽然目前已开发多个lncRNA数据库/分析工具,但现有工具仍存在lncRNA信息不全面的问题,例如缺乏关于lncRNAs上游转录调控的信息等。

来自哈尔滨医科大学的研究团队开发了LncSEA,一个专注于容纳人类lncRNA的各种可用资源的数据库,该数据库可直接对用户提交的lncRNA进行注释和富集分析。

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LncSEA提供超过40000种参考lncRNA 集合,包括18个类型(例如药物、疾病、转录因子、保守性等)和66个子类,覆盖超过5万条lncRNA。开发团队不仅收集了来自下游调控数据源的lncRNA集合,还通过整合TF-ChIP-seq、DNase-seq、ATAC-seq和H3K27ac-ChIP-seq数据,鉴定了大量由上游转录因子(TFs)和DNA调控元件调控的lncRNA集合。

lncSEA有哪些功能?

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LncSEA可以对用户提交的lncRNA列表进行注释和富集分析,同时还提供了一个用户友好的界面来搜索、浏览和可视化数据库中lncRNA集合的详细信息。

Analysis

用户在Analysis页面的“Paste a list”中输入lncRNA列表或通过“File upload”上传lncRNA列表文件,选择lncRNA参考集合、设置运行参数,点击“Run”即可进行lncRNA的注释和富集分析。

在分析结果页面,可通过选择类型得到对应的分析结果列表、气泡图和柱状图,点击不同的lncRNA集合可查看具体信息。

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Search

用户可以在Search页面,通过lncRNA ID(Gene Symbol/Ensembl ID/NCBI Refseq ID/Alias/Entrez Gene ID)、基因区域和基因序列进行搜索,得到lncRNA 的分类信息。

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Browse

“Browse“页面以交互表格的形式,让用户通过“Class”和“Sub Class”快速搜索lncRNA集合。点击lncRNA集合名称可获取集合详情。

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ID conversion

LncSEA还提供ID conversion功能,用户直接输入lncRNA列表或上传列表文件,点击Convert,就可得到不同类型的ID结果。

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Download

LncSEA提供gmt和text两种格式的数据下载,用户可根据分析需求下载后进行线下富集分析。

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LncSEA访问地址:http://bio.liclab.net/LncSEA/index.php.

参考文献
Chen J, Zhang J, Gao Y, et al. LncSEA: a platform for long non-coding RNA related sets and enrichment analysis[J]. Nucleic Acids Research, 2021, 49(D1): D969-D980.
图片来源于LncSEA和参考文献,如有侵权请联系删除。

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