ColorCells:一个轻松完成单细胞lncRNA分析的数据库

2021-01-14 196其它数据库

scRNA-Seq技术揭示了不同细胞组间基因表达水平的显著差异。然而,大多数的研究集中在mRNAs的分析上,lncRNAs在单细胞中的表达和变异仍不清楚。

来自中山大学的研究团队开发了ColorCells:一个用于比较分析单细胞RNA-Seq数据中lncRNAs表达、分类和功能的数据库。研究人员还将ColorCells应用于6个物种的167913个公开的scRNA-Seq数据集,发现了一批细胞特异性lncRNAs。

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主要研究结论:

  1. 单细胞数据中含有大量的lncRNA,这些lncRNA具有细胞类型的特异性。
  2. lncRNA可以对细胞进行分类,其分类效果与mRNA相当。
  3. 某些细胞群只能通过lncRNAs来识别。
  4. 根据同组共表达基因的单细胞测序数据,可以预测lncRNA的功能。
  5. ColorCells是lncRNA表达分类和功能预测的综合资源。

ColorCells有哪些功能?

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ColorCells提供了一系列新颖的工具和友好的可视化界面,包括:

  1. 应用PCA和t-SNE算法在2D和3D显示细胞簇;
  2. 开发了一个tissue map工具来显示人类和小鼠的各种组织和细胞类型; 、
  3. 建立了超几何分布的统计测试方法来自动分配细胞对细胞簇进行类型标记;
  4. 基于SNN和pearson相关分析估计细胞间的相似性;
  5. 构建共表达网络预测lncRNAs功能。

浏览和搜索

用户可以通过首页菜单栏Gallery浏览数据库中的相关信息,通过物种和基因等分类选择目标数据,结果将以表格的形式呈现,点击“Details”可查看研究的详细信息。

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用户可以在Search页面通过细胞系或组织、基因名称、基因ID、GEO ID和Pubmed ID进行搜索。(需在搜索前指定类型。)搜索结果将以表格显示,点击右侧的geo ID,可查看详细信息。

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浏览和搜索到的详细信息包括以下内容:数据降维、基因表达、细胞间相似性、基因功能分析。以上分析内容也可以通过数据库首页绿色功能按钮跳转至功能模块。

数据降维

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基因表达

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细胞间相似性

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基因功能分析

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Tissue map

Tissue map可显示人类和小鼠的各种组织和细胞类型。

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ColorCells的Statistics板块对数据库中的数据信息做了分类统计;Links板块提供了其他单细胞和lncRNA的分析工具和数据库链接。

ColorCells访问地址:http://rna. sysu.edu.cn/colorcells/.

参考文献
Zheng L L, Xiong J H, Zheng W J, et al. ColorCells: a database of expression, classification and functions of lncRNAs in single cells[J]. Briefings in Bioinformatics, 2020.
图片来源于ColorCells和参考文献,如有侵权请联系删除。

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