2021-01-14 3237其它数据库
scRNA-Seq技术揭示了不同细胞组间基因表达水平的显著差异。然而,大多数的研究集中在mRNAs的分析上,lncRNAs在单细胞中的表达和变异仍不清楚。
来自中山大学的研究团队开发了ColorCells:一个用于比较分析单细胞RNA-Seq数据中lncRNAs表达、分类和功能的数据库。研究人员还将ColorCells应用于6个物种的167913个公开的scRNA-Seq数据集,发现了一批细胞特异性lncRNAs。
主要研究结论:
ColorCells提供了一系列新颖的工具和友好的可视化界面,包括:
用户可以通过首页菜单栏Gallery浏览数据库中的相关信息,通过物种和基因等分类选择目标数据,结果将以表格的形式呈现,点击“Details”可查看研究的详细信息。
用户可以在Search页面通过细胞系或组织、基因名称、基因ID、GEO ID和Pubmed ID进行搜索。(需在搜索前指定类型。)搜索结果将以表格显示,点击右侧的geo ID,可查看详细信息。
浏览和搜索到的详细信息包括以下内容:数据降维、基因表达、细胞间相似性、基因功能分析。以上分析内容也可以通过数据库首页绿色功能按钮跳转至功能模块。
Tissue map可显示人类和小鼠的各种组织和细胞类型。
ColorCells的Statistics板块对数据库中的数据信息做了分类统计;Links板块提供了其他单细胞和lncRNA的分析工具和数据库链接。
ColorCells访问地址:http://rna. sysu.edu.cn/colorcells/.
参考文献
Zheng L L, Xiong J H, Zheng W J, et al. ColorCells: a database of expression, classification and functions of lncRNAs in single cells[J]. Briefings in Bioinformatics, 2020.
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