喏,这就是你缺的那个lncRNA-靶基因调控分析工具 | lncRNA数据库推荐

2021-01-08 936其它数据库

近年来,长非编码RNA(lncRNAs)在人类疾病中的作用越来越受重视。目前已有的lncRNA数据库信息大都集中在lncRNAs的基本信息和功能特性上,关于关键下游靶点、lncRNA介导的靶基因调控机制、与疾病相关lncRNA的重要生物学功能等重要信息仍然分散在文献中,尚未广泛系统地被收集。

为了填补这一空白,来自哈尔滨医科大学和海南医科大学的研究团队共同开发了一个人工管理的lncRNA数据库:LncTarD,该数据库提供了人类疾病中关键的lncRNA靶标调控及其影响功能和lncRNA介导的调控机制。LncTarD可以作为了解lncRNA在疾病发病中的功能和分子机制的及时而有价值的资源,这将有助于发现人类疾病中新的和敏感的生物标志物和治疗靶点。

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LncTarD覆盖177种人类疾病中2822种实验支持的功能调节和表达关联,包括475个lncRNAs、391个miRNAs、774个蛋白质编码基因和140个生物学功能。开发团队还手工整理了大量信息:(i)包含疾病相关lncRNAs在人类疾病中的关键靶点和重要生物学功能(如细胞增殖、EMT和血管生成)。(ii)lncRNA介导的人类疾病调控机制,包括转录调控、表观遗传调控、染色质环、ceRNA或海绵、与mRNA相互作用和与蛋白质相互作用。(iii)lncRNA-target调控41种人类疾病中52种药物的耐药或敏感性。此外,TCGA泛癌转录组数据(33种癌症类型)也被整合到LncTarD中,以帮助描述功能性lncRNA-target调控的动力学特征。

LncTarD怎么用?

LncTarD提供了一个用户友好的界面,可以方便地浏览、搜索和下载数据。

搜索

用户可以通过首页的快速搜索框和“Search”页面的高级搜索,查询与疾病相关的功能性lncRNA-target调控,包括疾病,功能,药物,lncRNA,靶基因和调控机制。

搜索结果为疾病-lncRNA-taget-调控机制-影响的生物学功能汇总表,点击“More Details”还可获取基于TCGA/GEO的靶基因和lncRNA差异表达情况、靶基因/lncRNA差异表达箱线图、lncRNA-靶基因表达相关性的热图、lncRNA-靶基因表达关系的散点图等信息。

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浏览

用户可以使用“Browser”页面的树型浏览器,通过疾病,药物,lncRNA,靶基因和调控机制对数据库信息进行浏览。

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下载

用户可在“Download”页面下载LncTarD的数据。

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此外,研究团队还开发了提交页面,为其他研究人员提供了一种方便的方式来上传未记录在LncTarD中的新数据。

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LncTarD访问地址:http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncTarD/index.jsp

参考文献
Zhao H, Shi J, Zhang Y, et al. LncTarD: a manually-curated database of experimentally-supported functional lncRNA–target regulations in human diseases[J]. Nucleic Acids Research, 2020, 48(D1): D118-D126.
图片来源于LncTarD和参考文献,如有侵权请联系删除。

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