小编亲测,这个国产人类疾病单细胞数据库值得推荐~

2020-12-17 437其它数据库

单细胞转录组技术为探索疾病微环境中的细胞亚群提供了新思路,有利于研究疾病的发生、发展、耐药性和免疫逃逸。然而,目前缺乏在细胞水平上系统的、分层的和庞大的人类疾病基因表达谱数据库。

来自西北工业大学、西安交通大学、哈尔滨工业大学、复旦大学和天津大学的研究团队共同开发了一个人工整理的人类疾病单细胞转录组数据库:SC2disease,旨在为不同疾病的不同细胞类型的基因表达谱提供全面准确的资源。

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研究团队通过回顾2020年3月之前使用scRNA-seq研究人类样本疾病的文献,按不同疾病、组织和细胞类型汇总所有数据。SC2disease记录了946481个条目,对应341种细胞类型、29种组织和25种疾病。数据库中的每个条目都包含了不同细胞类型、组织和疾病相关健康状况之间差异表达基因的比较。

SC2disease能做什么?

  • 浏览感兴趣的基因的表达
  • 搜索细胞型标志物
  • 搜索多种疾病的生物标志物
  • 比较疾病和非疾病状态下各类细胞的表达谱

SC2disease提供了树型浏览器和搜索引擎,以查询有关不同疾病中细胞类型特异性基因的详细信息。

Browse

用户可以使用SC2disease树型浏览器,通过“disease”和“cell type”对数据库信息进行浏览:

  • “disease”总共包括25种疾病,通过单击疾病名称可以显示与所关注疾病相关的细胞类型特异性基因的详细信息;
  • “cell type”分为16组,可以浏览特定细胞类型中的标记基因。

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Search

用户可以使用“search”功能搜索感兴趣的疾病,基因或细胞类型。以“乳腺癌”为例,搜索可得到一系列细胞类型特异性基因,每个基因的信息将在表格中以一行显示,其中包括疾病名称,实验组织,细胞类型,基因名称,用于描述基因表达的变量名称(log2FC或均值),变量的值,DEG比较,PMID,测序平台和详细信息。单击该基因的名称,将直接跳转至基因在NCBI中的链接,也可以单击“PMID”以浏览原始文献中的更多详细信息。“detail”部分中总结了有关疾病,细胞类型和基因的详细信息。

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Analysis

为了提高不同研究之间的可比性,研究人员通过统一的流程重新分析每个研究的基因表达矩阵。用户可以通过左侧对话框中的疾病名称或基因名搜索他们感兴趣的疾病或基因,点击Search重新分析的数据将在右侧显示。

SC2disease还提供了基于单细胞结果和基于GWAS结果的疾病的共同易感基因,例如用户可以通过左侧对话框中的疾病名称搜索他们感兴趣的疾病,点击Display即可显示scRNA-seq和GWAS检测到的易感基因列表;点击Visualize可以直观地显示结果,在结果图中,x轴是从GWAS结果获得的基因中SNPs的最小P值,y轴是从scRNA-seq结果中获得的疾病易感基因重叠的细胞类型。

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下载

用户可在“Download”页面下载SC2disease的数据集。

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此外,研究团队还开发了提交页面,为其他研究人员提供了一种方便的方式来上传未记录在SC2disease中的新数据。

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SC2disease主要有三个优势:

  • SC2disease是第一个基于scRNA-seq的人类疾病相关细胞类型特异性基因资源;
  • SC2disease重新分析了基因表达矩阵,使不同疾病之间的细胞类型特异性基因具有可比性;
  • SC2disease还提供了GWAS和scRNA-seq的结果,方便研究者探索基因的发病机制。

SC2disease访问地址:http://easybioai.com/sc2disease/

参考文献
Zhao T, Lyu S, Lu G, et al. SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases[J]. Nucleic Acids Research, 2020.
图片来源于SC2disease和参考文献,如有侵权请联系删除。

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