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CNGBdb新功能上线|有了这张藏宝图,找文献只需顺藤摘瓜

2019-08-14 74CNGBdb知识图谱

文献推荐图谱上线啦!

继数据广场之后,致力于帮生物科研人员提升科研效率的国家基因库生命大数据平台(CNGBdb),又上线了一项与文献检索相结合的智能工具——文献推荐图谱。

它将相关科研领域内文献、作者、科研关键词间的网络关系可视化,让研究热点、学术大牛、优质论文、文献引证关系等一览无余,将极大地方便相关知识的获取、整理和使用。

AI 来指路,一图胜千言

全球文献浩如烟海,作为科研党的你想必也有过这样的体验:辗转于各大文献库,切换各类检索关键词,反复比较影响因子,在无数的字里行间和长长的参考文献列表中寻求线索,试图串点成线、去粗取精。

将这项繁琐的工作交给以机器学习为基础的分析工具,将大大缩短信息的获取路径。只需将一篇文献名称输入搜索框,不费吹灰之力,便可获得对应领域的文献“藏宝图”——文献推荐图谱。
以“千人基因组计划”(1,000 Genomes Project,1KGP)2010年发表于Nature上的《A map of human genome variation from population-scale sequencing》为例,在CNGBdb的文献库中搜索这篇文章:

知识图谱_1

此前,检索文献时可以获得文章的基本信息、全文链接、影响因子、引用量、施/被引文献和关联数据等。

现在,有了推荐图谱,该文献所属领域的经典文献、重要作者、科研关键词及相互之间的脉络也可清晰呈现,让你以最少的时间成本获取最多的信息。

文献推荐图谱怎么看?

仍以上面的1KGP文章为例,它的图谱长这样:

知识图谱_2

● 当前文献(红色):是整个图谱的中心和起点,与它相连的绿、黄、蓝三个节点分别代表这篇文献的作者、相关推荐文献和MeSH(医学主题词)。这四个大的主节点构成了图谱的主干。

● 作者(绿色):主节点分为3支,列出当前文献最有影响力的3个作者(或机构),并显示每个作者的重要文献和MeSH。

知识图谱_3

● 推荐文献(黄色):主节点分为5支,列出5篇相关的推荐文献。节点面积越大,表示文献的影响因子越大。

单击任一文献节点,将弹出具体信息,点击标题可在新网页中打开文献详情。

文献与文献间的引用关系以箭头指示,从施引文献出发,指向被引文献。越是“众星拱月”的文章,被重点文章引用的次数越多,比如这篇:

知识图谱_4

顺着箭头的方向,可回溯文献的引用路径,定位关键文章。文献聚类(cluster)中的施引、被引、共引、共被引关系一目了然。

● MeSH医学主题词(蓝色):即文献的科研关键词,不仅限于医学领域。主节点分为5支,列出当前文献的5个MeSH。节点面积越大,表示主题词的热度越高。

针对每个MeSH,图谱推荐了相关的作者(≤2位)和文献(≤3篇),可进入下级分支查看这些作者和文献的网络关系。

知识图谱_5

作者、文献、MeSH三类节点连接成网,开枝散叶,形成一张“全局地图”。有了这张图谱来“导航”,用户再也不用在未知中摸索,可以直接摘取需要的文献,查看研究热点、学术大牛、重要成果,识别科学领域演化的关键节点,了解科研工作者网络关系,并对文献的引证关系进行溯源。

借助高性能算法,文献推荐图谱以远高于人力的效率和精准度,帮科研人员打开“上帝视角”,快速明确方向、获取优质信息,节省大量时间。

你在找哪方面的文献?这个领域有哪些研究热点?哪些大牛和重要成果不容错过?你的上篇论文在文献网络中的定位如何?让CNGBdb帮你画一张“藏宝图”,1秒get所有答案!

如果使用过程中遇到问题,或者有任何意见,可通过以下方式联系我们:
邮箱:CNGBdb@cngb.org
电话:0755-3394 5586

参考资料:

  1. Durbin RM, Abecasis GR, Altshuler DL, Auton A, Brooks LD, et al. (2010) A map of human genome variation from population-scale sequencing. Nature 467: 1061–1073.
  2. International HapMap Consortium, A haplotype map of the human genome. (2005) Nature 437 (7063): 1299-320.

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