Hortic Res 5月封面文章 | 我国生物数据归档系统（CNSA）助力文章发表和数据安全共享

 

 

经Horticulture Research编委会专家评审，题为The China National GeneBank Sequence Archive (CNSA) 2024 update的研究论文被评选为2025年5月封面文章。

 

在生命科学领域，数据就是科研的“粮食”。随着测序技术的飞速发展，多组学数据呈井喷式增长，科研人员愈发依赖开放、稳定的数据存储与共享平台来推动研究进展。然而，近年来国际形势的变化给数据共享带来了挑战。自2025年4月起，美国国立卫生研究院（NIH）对中国等国家实施了数据访问限制，包括dbGaP、SEER癌症监测数据库等重要数据库均受到影响，这给中国科研人员获取数据带来了诸多不便。面对这种情况，我国早有预案，提前布局建设了数个独立自主的生物数据归档库，为我国科研工作者发表论文和获取数据提供有力支撑，国家基因库生物数据归档平台（CNSA，https://db.cngb.org/cnsa/）就是其中的代表性数据库。

图为CNSA可提供的服务

 

 

自2017上线以来，CNSA已成为全球生命科学领域的重要数据归档平台，数据归档量达全球前五，提供包括基因组、转录组、代谢组、单细胞组和空间转录组等多种组学数据的归档存储与开放共享服务。目前，CNSA已经支持超过17 PB的数据归档，涵盖约8,000种物种，助力约2,000篇论文发表，为超过640个机构提供数据开放共享服务，访问量超过2千万，覆盖全球85%国家和地区。

 

同时，CNSA 积极参与并支持了多项大型国际科研项目，如地球生物基因组计划（Earth Biogenome Project, EBP）和万种植物基因组计划（10,000 Plant Genomes Project, 10KP）等，为这些项目的数据共享与合作提供了坚实基础。此外，CNSA构建了多个园艺植物数据库，以生菜数据库（LettuceDB）为例，其整合了全球445份生菜种质材料的多组学数据，建立了基因型与表型等多组学数据的关联，并部署了丰富的生物信息学工具包，为研究人员提供了全方位的数据支持。

图为CNSA园艺植物数据共享和再利用实例

 

在数据递交流程上，CNSA采用【项目】-【样本】-【数据】的结构，并提供中英双语操作环境。用户需先创建项目和样本，再上传数据文件。CNSA结合人工审核与自动化程序，将在1-3个工作日内完成数据审核。用户可自行设定项目公开时间，或在项目公开前申请审稿人链接。每个项目公开时均会分配DOI，便于引用和追溯。

 

在数据标准和国际认可方面，CNSA 严格遵循 FAIR（可查找、可访问、互操作、可重用）原则以及基因组标准联盟（GSC）和国际核苷酸序列数据库合作联盟（INSDC）的标准，确保归档数据的高质量与互操作性。此外，CNSA 已获得FAIRsharing、OpenDOAR、re3data、CoreTrustSeal、CODATA 等多个国际科学数据机构的认证，并获得包括Cell Press在内的众多学术出版商的认可。这意味着，我国科研工作者可将数据存储归档于CNSA后发表文章，无需再依赖国外数据库。

 

为进一步应对复杂的国际形势，CNSA正在备份NCBI常用数据库的数据，比如GEO，genebank，Refseq等，部分已经备份好的NCBI数据可以在国家基因库生命大数据平台（CNGBdb，https://db.cngb.org/）的数据下载专区获取。

 

欢迎广大科研工作者将数据归档至CNSA，或下载所需数据。如有疑问，请随时通过电话（0755-3630 7296）或邮箱（datasubs@cngb.org）联系CNSA团队。

 

华大生命科学研究院王伟文、谈聪为本文的共同一作，华大生命科学研究院院长徐讯、深圳国家基因库主任王博、数据共享中心负责人魏晓锋为论文共同通讯作者。华大生命科学研究院李玲、华聪、杨帆等参与了本研究。

 

团队合影

 

文章链接：http://doi.org/10.1093/hr/uhaf036

国家基因库生物数据归档平台：https://db.cngb.org/cnsa/

 

| 本文转载自“园艺研究”公众号