Codeplot
简介
脚本
输入
输出
hvg
简介

this workflow accepts h5fd file and annotate highly variable genes ,regress out (mostly) unwanted sources of variation then cale data to unit variance and zero mean with sc.pp.highly_variable_genes ,sc.pp.regress_out and sc.pp.scale.

脚本
输入
任务名称变量名称类型描述
*
      main
    project_nameString
      项目名称
    
*
      main
    anndataFile
      输入对象格式：anndata
    
*
      main.hvg
    subsetBoolean
      如果是True,则在高变异基因的位置上的子集,否则只表示高变异基因.
    
*
      main.hvg
    n_top_genesInt
      保留高度可变基因的数量.如果flavor='seurat_v3',则必须输入.
    
*
      main.hvg
    min_meanFloat
      如果n_top_gene 不为None,则忽略平均值和归一化离散度的这个指和所有其他截止值.忽略if flavor='seurat_v3'.
    
*
      main.hvg
    min_dispFloat
      如果n_top_gene 不为None,则忽略平均值和归一化离散度的这个指和所有其他截止值.忽略if flavor='seurat_v3'
    
*
      main.hvg
    memoryString
      任务运行的内存数量,注意1.取值范围为0.25核-32核,另外还可选48核和64,CPU必须为0.25核的整数倍;2.内存取值范围>为1GB-512GB,且内存必须为1GB的整数倍3.CPU/内存配比值必须在1:2到1:8之间
    
*
      main.hvg
    max_valueFloat
      缩放后剪辑截断到此值.如果没有,不截断
    
*
      main.hvg
    max_meanFloat
      如果n_top_gene 不为None,则忽略平均值和归一化离散度的这个指和所有其他截止值.忽略if flavor='seurat_v3'.
    
*
      main.hvg
    max_dispFloat
      如果n_top_gene 不为None,则忽略平均值和归一化离散度的这个指和所有其他截止值.忽略if flavor='seurat_v3'.
    
*
      main.hvg
    flavorString
      ['seurat', 'cell_ranger', 'seurat_v3'];选择鉴别高度变异基因flavor.对于默认工作流程中基于离散度的方法,Seurat通过了截止点,而Cell Ranger传递的是n_top_基因.
    
*
      main.hvg
    dockerString
      --
    
*
      main.hvg
    cpuString
      任务运行的CPU数量,注意1.取值范围为0.25核-32核,另外还可选48核和64,CPU必须为0.25核的整数倍;2.内存取值范围为1GB-512GB,且内存必须为1GB的整数倍3.CPU/内存配比值必须在1:2到1:8之间
    
输出
任务名称变量名称类型描述
*
      main
    pngfileArray[File]
      通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列
    
*
      main
    h5adfileFile
      通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列