hvg
简介
this workflow accepts h5fd file and annotate highly variable genes ,regress out (mostly) unwanted sources of variation then cale data to unit variance and zero mean with sc.pp.highly_variable_genes ,sc.pp.regress_out and sc.pp.scale.
脚本
输入
任务名称 | 变量名称 | 类型 | 描述 |
---|---|---|---|
* main | project_name | String | 项目名称 |
* main | anndata | File | 输入对象格式:anndata |
main.hvg | subset | Boolean | 如果是True,则在高变异基因的位置上的子集,否则只表示高变异基因. |
main.hvg | n_top_genes | Int | 保留高度可变基因的数量.如果flavor='seurat_v3',则必须输入. |
main.hvg | min_mean | Float | 如果n_top_gene 不为None,则忽略平均值和归一化离散度的这个指和所有其他截止值.忽略if flavor='seurat_v3'. |
main.hvg | min_disp | Float | 如果n_top_gene 不为None,则忽略平均值和归一化离散度的这个指和所有其他截止值.忽略if flavor='seurat_v3' |
main.hvg | memory | String | 任务运行的内存数量,注意1.取值范围为0.25核-32核,另外还可选48核和64,CPU必须为0.25核的整数倍;2.内存取值范围>为1GB-512GB,且内存必须为1GB的整数倍3.CPU/内存配比值必须在1:2到1:8之间 |
main.hvg | max_value | Float | 缩放后剪辑截断到此值.如果没有,不截断 |
main.hvg | max_mean | Float | 如果n_top_gene 不为None,则忽略平均值和归一化离散度的这个指和所有其他截止值.忽略if flavor='seurat_v3'. |
main.hvg | max_disp | Float | 如果n_top_gene 不为None,则忽略平均值和归一化离散度的这个指和所有其他截止值.忽略if flavor='seurat_v3'. |
main.hvg | flavor | String | ['seurat', 'cell_ranger', 'seurat_v3'];选择鉴别高度变异基因flavor.对于默认工作流程中基于离散度的方法,Seurat通过了截止点,而Cell Ranger传递的是n_top_基因. |
main.hvg | docker | String | -- |
main.hvg | cpu | String | 任务运行的CPU数量,注意1.取值范围为0.25核-32核,另外还可选48核和64,CPU必须为0.25核的整数倍;2.内存取值范围为1GB-512GB,且内存必须为1GB的整数倍3.CPU/内存配比值必须在1:2到1:8之间 |
输出
任务名称 | 变量名称 | 类型 | 描述 |
---|---|---|---|
main | pngfile | Array[File] | 通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列 |
main | h5adfile | File | 通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列 |