简介
脚本
输入
输出
cactus_align
简介
The second step of the process after the completion of preprocess.
脚本
输入
| 任务名称 | 变量名称 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|---|
| * cactus_step3.cactus_align | out_hal_name | String | 输出HAL文件名称 |
| * cactus_step3.cactus_align | out_fa_name | String | 输出序列文件名称 |
| * cactus_step3.cactus_align | in_root | String | 作为比对的一个根的祖先节点的名称（必须存在<seq_file> NEWICK树中）任何树中不在该节点下的基因组可以用作外群，但不会出现在输出中。如果未指定根，则使用树的根 |
| * cactus_step3.cactus_align | in_fa_names | Array[String] | 路径重写的名称（必须与--in_fa_files的数目相同） |
| * cactus_step3.cactus_align | in_fa_files | Array[File] | 从seqFile重写的路径（允许多个） |
| * cactus_step3.cactus_align | in_blast_files | Array[File] | Blast输出文件列表（来自cactus-blast） |
| * cactus_step3 | seq_file | File | 序列文件 |
| cactus_step3 | memory | String | 任务运行的内存数量,注意1.取值范围为0.25核-32核,另外还可选48核和64,CPU必须为0.25核的整数倍;2.内存取值范围>为1GB-512GB,且内存必须为1GB的整数倍3.CPU/内存配比值必须在1:2到1:8之间 |
| cactus_step3 | cpu | String | 任务运行的CPU数量,注意1.取值范围为0.25核-32核,另外还可选48核和64,CPU必须为0.25核的整数倍;2.内存取值范围为1GB-512GB,且内存必须为1GB的整数倍3.CPU/内存配比值必须在1:2到1:8之间 |
| cactus_step3 | config_file | File | cactus配置文件 |
输出
| 任务名称 | 变量名称 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|---|
| * cactus_step3 | out_hal | File | 输出hal 类型文件列表,通过填写this.xxx将输出文件返回到对应表格xxx列 |
| * cactus_step1 | out_fa | File | 输出fasta 类型文件,通过填写this.xxx将输出文件返回到对应表格xxx列 |