病原数据库（PVD）
病原数据库收录引起人类感染性疾病的病原微生物，包括病原分类、生物学特征、疾病表型、核酸序列以及病人免疫特征。提供对病原微生物的检索、鉴定工具，为临床科研提供帮助与指导，包括三个子库：慢性传染病病原数据库、新发传染病病原数据库、重大传染病病原数据库。
RME
RME 是基于第二代测序数据用来鉴定和分析微生物序列的免费在线工具。RME结合了SNAP，Kraken以及Kaiju等工具实现了在reads水平快速而又准确的分类。
1 输入文件要求
RME可以输入FASTA和FASTQ格式，并且支持gzip压缩的文件。输入的测序数据可以是BGISEQ-500，Illumina，Ion Torrent等平台产生的单端数据或双端数据。
2 参数设置
除了Kraken分类的模块，其余的模块（包括质控模块，SNAP模块，以及Kaiju模块）都可以由用户选择执行或者不执行。如果你的数据已经过滤掉了低质量部分，可以选择跳过质控模块；如果你的数据不包含人的序列，可以选择跳过SNAP模块；如果只是想获得在核酸水平的鉴定结果，可以选择不执行Kaiju模块。
3 输出结果
每一个模块都会产生一个统计结果。Kraken模块和Kaiju模块可以生成微生物分类的报告。同时RME可以生成Krona展示结果。
下图说明了RME工作流。
参考
- Wood, D. E., & Salzberg, S. L. (2014). Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments. Genome Biology, 15(3), R46.
- Menzel, P., Ng, K. L., & Krogh, A. (2016). Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics with kaiju. Nature Communications, 7, 11257.
- Zaharia, M., Bolosky, W. J., Curtis, K., Fox, A., Patterson, D., & Shenker, S., et al. (2011). Faster and more accurate sequence alignment with snap. Corr, 2011.
- Phillippy, A. M., Bergman, N. H., & Ondov, B. D. (2011). Interactive metagenomic visualization in a web browser. BMC Bioinformatics, 12(1), 385.