<2020第一期课程回顾>表观组学概述

课程回放：

2020 CNGBdb系列公益课程开讲啦!
2020年4月9日4月专题 四节课带你玩转表观组学研究 <第1讲>上线
课程名称：表观组学概述

讲师： 韩京华，尼奥基因组学研究院表观团队高级生信分析师。在国际知名期刊发表多篇研究论文，并获得4项软件著作权。

课程概要

1. 什么是表观遗传
2. 表观遗传学的分类
3. 表观遗传学的应用领域
4. 表观遗传学的常见分析方法

现场Q&A

1. Q：这个甲基化在真菌侵染过程中会有什么反应吗？
   A：这里的甲基化是指DNA甲基化吗？关于DNA甲基化在真菌侵染中的作用的报道不多，但仍然是有的。另外，其他表观修饰，如组蛋白修饰可能也与真菌侵染有关系。
   推荐文献：
   Evidence for Mitochondrial Genome Methylation in the Yeast Candida albicans: A Potential Novel Epigenetic Mechanism Affecting Adaptation and Pathogenicity?
   Epigenetic manipulation of filamentous fungi for biotechnological applications: a systematic review.
2. Q：请问input文库是怎么得到的？
   A：input文库的作用是矫正不同样本的RNA的表达水平，它实际上相当于普通的RNA-seq文库，只不过m6A-seq为了达到更高的分辨率需要把RNA片段打断的更短，其他流程与RNA-seq基本一致。
3. Q：cfDNA和ctDNA会因为DNA浓度太低影响实验结果吗？这两种样本类型可以用什么方法检测DNA甲基化？
   A：无论是游离DNA还是细胞内DNA，如果浓度极低，也就意味着总DNA的量很少，都会影响到检测结果，包括遗传变异检测和表观修饰检测。
   目前cfDNA甲基化的检测方法已有相关文献发表，包括基于抗体的MeDIP技术（cfMeDIP），也可选择微量全基因组甲基化检测技术等。如果针对特定基因集或其他特定区域进行甲基化检测，可以采用数字PCR的方法。另外，每个实验室也会有自己的方法，目前尼奥基因组学研究院也在开发更有效的方法，已具备一定雏形，如果感兴趣也欢迎与我们进一步合作。 推荐文献：
   Sensitive tumour detection and classification using plasma cell-free DNA methylomes.
4. Q：M6A是怎么影响mRNA的降解的？有相关参考文献吗？
   A：根据文献报道，胞质内经过m6A修饰的mRNA可以被YTHDF2识别，使其富集Processing body（P-body）从而加速mRNA的降解。
   推荐文献：
   Molecular Mechanisms Driving mRNA Degradation by m6A Modification.
5. Q：关于微生物的m6A的研究都有哪些研究方向？目前研究的多吗？
   A：目前看来，微生物中关于m6A的研究并不多，主要集中在病毒侵染方面。
   推荐文献：
   Regulation of Viral Infection by the RNA Modifcation N6-methyladenosine .
6. Q：请问ctDNA的检测，有没有focus到一些特定的基因集？
   A：有的，这也是一种比较新的检测方法。比如在肝癌中，作者通过比较癌症患者和健康对照之间的组织和血液的甲基化图谱，鉴定得到401个重点marker，并利用这些marker建模，最终得到用于诊断的marker和用于预后的marker。
   实际上，癌症相关的甲基化marker不一定是基因集，也可能只是一些区域。
   推荐文献：
   Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma.
   Circulating breast-derived DNA allows universal detection and monitoring of localized breast cancer.

课程PPT：

https://db.cngb.org/dc_assets/media/science/weike20200409.pdf

审核：韩京华
图片来源：千聊直播平台页面