<2019第六期课程回顾>遗传病基因检测和解读

课程回放：

CNGBdb组学/数据库系列课程开讲啦!

2019年8月29日<第六讲>上线

课程名称：遗传病基因检测和解读

讲师：王丽娜/国家基因库生命大数据平台审编负责人，主要负责平台数据子库的前期规划和建立。

课程概要

1. 遗传病介绍
2. 遗传病检测流程
3. 遗传病解读
4. 案例分析
5. 常见问题解析

现场Q&A

1. Q：只做了一个基因的筛查，父亲是GG 母亲是GA，两个妹妹都是GA，患者是AA，那AA就一定是引起该疾病的致病突变吗？
   A：需要先确定一下问题，父亲是纯合的GG，母亲是杂合GA，这样其实患者AA应该是有一个等位基因的突变来源于母亲，另一个为自发突变。再结合临床，如果母亲和妹妹都是GA突变引起的患者，说明疾病为显性遗传，则AA也会引起疾病。
2. Q：考虑到X染色体随机失活情况的话，那么X染色体隐性遗传的杂合子女性是不是也可能患病，也就是女性患者其中父亲是患者，母亲不一定是携带者？
   A：是的，考虑到X染色体随机失活情况，对于性染色体遗传病，可以不做显隐性分析。视频中的举例均为一般情况。
3. Q：dbNSFP可以在线使用吗？dbNSFP本地安装使用麻烦么？
   A：dbNSFP暂时没有线上的搜索入口，但是里面使用的的预测数据库一般都有线上搜索入口。例如MutationTaster (http://www.mutationtaster.org/)。
   本地化dbNSFP，一般是在ANNOVAR注释软件中下载和使用dbNSFP。
4. Q：做外显子组测序时都是混样后（带index）做多重测序，这个确实是一个问题，一般测序报告会给出混样（mix）的结论么？
   A：实验可根据一些特异性的位点给出一定的结论。
5. Q：一般测序中reads怎么翻译？
   A：高通量测序平台产生的碱基序列，简称reads。它是测序的最小单位。
6. Q：ACMG判读是否需要？
   A：需要做ACMG的判读，课件中的治病性分级就是基于ACMG的。
7. Q：GDRD是公开的数据库嘛？
   A：GDRD数据库是公开的，可直接使用；CMDB是需要注册的，目前只针对科研机构开放，对盈利性质的机构暂不开放。
8. Q：银屑病是不是单基因疾病？
   A：银屑病是一种具有遗传倾向的慢性、复发性、炎症性疾病，可累及多个系统。遗传流行病学调查显示银屑病具有遗传倾向，患者的一级和二级亲属银屑病患病风险远超一般人群。
9. Q：外显子的CNV检测可以用哪些软件？
   A：课件中的展示的CNV检测为自主编写，主要原理为同批次测序样本的测序深度对比。考虑到杂交捕获效率的问题，一般不做外显子测序的CNV检测，除非特殊设计的芯片。
10. Q：本地的数据库要怎么建立？
    A：本地的数据是需要积累的，但是对于公开的数据，比如GDRD，我们可以将其数据加入注释的流程，注释得越详细，解读也会越轻松。
11. Q：常染色体隐形遗传是近亲结婚导致的吗？
    A：近亲结婚容易使常染色体隐性遗传病显现出来。
12. Q：测序的准确性有验证嘛？
    A：整个过程中会有多次质控。测序下机时，实验人员会做准确性验证，信息分析后也会做质控。
13. Q：这些遗传病都不需要设置对照吧？
    A：在研究遗传病致病基因及突变位点时需要家系和正常人对照，然后用于文章发表。但是做解读时一般只做家系验证，参考解读位点已发表的文章结论。

课件下载：

https://db.cngb.org/dc_assets/media/science/weike20190829.pptx

审核：王丽娜