2021-01-12 2301文献解读
单细胞转录组(scRNA-seq)结合空间转录组(ST)技术已绘制了多个组织/器官图谱(空间转录组都绘制了哪些图谱?)。近日,来自英国的科学家利用scRNA-seq+ST表征随时间变化的肠道形态发生,绘制出单细胞分辨率下人类肠道发育的时空图谱。相关研究成果已于《Cell》在线发表。
肠道是人体最大的屏障器官,与肠道微生物群共生,协调营养需求和免疫。多种相关的细胞类型构成了成熟的肠道及其独特的形态,但其发育的分子基础尚不清楚。雏鸡模型和小鼠等物种的研究表明肠道发育过程需要细胞间的协调并且物种间存在特异性差异,因此直接研究人类肠道组织是必要的。
同时,肠道是出生时免疫细胞初生的场所,肠道免疫细胞的本源性缺陷与疾病有关。人类肠道发育的分子基础可为先天性或出生后早期肠道疾病发病机制研究提供参考。
研究人员结合scRNA-seq和ST绘制了人类肠道形态发生的跨时间、跨位置和跨细胞区间的图谱。此项研究:
本研究使用的原始数据和处理后的数据的已存放在GEO,可以公开下载,数据编号分别为:GSE158328(ST)和GSE158702(scRNA-seq)。
STAR-FINDer(https://simmonslab.shinyapps.io/ FetalAtlasDataPortal)是一个数据门户,用于探索出生后8~23周的人类胎儿肠发育图谱的scRNA-Seq和ST数据。该数据集捕获发育中的肠道全层组织定义的101种细胞状态/类型,包括上皮细胞、间充质细胞、免疫细胞、神经细胞、内皮细胞、周细胞、肌成纤维细胞和间充质细胞;可进行单细胞基因表达、空间转录组、基因调控网络等可视化在线分析。
参考文献
Fawkner-Corbett D, Antanaviciute A, Parikh K, et al. Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cell resolution[J]. Cell, 2020.
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