细菌会给基因研究带来问题

细菌会给基因研究带来问题，细菌中常见的一种令人费解的DNA修饰，在人类或其他哺乳动物中并不存在。瑞典林雪平大学的科学家在《科学进展》上发表的一项新研究表明了这一点。该研究表明，在动物身上检测到表观遗传标记6mdA可能是由于使用的技术的局限性和细菌污染样本的结果。

表观遗传研究成为热点

几年前，一些研究的发表引起了遗传学研究者的极大兴趣。这些研究曾考察了一种特殊的表观遗传标记，或DNA的修饰，它影响了DNA序列在不同细胞中的使用方式。这种标记以前在多细胞生物中没有被观察到。相反，这种被称为 "6mdA "的标记在细菌中很常见，它在保护细菌免受病毒侵害方面发挥着重要作用。许多研究小组的报告称，他们在各种动物物种中，甚至在人体细胞中发现了6mdA，这不仅激发了研究界的重大兴趣，而且还引发了一些问题。其中一个问题涉及到检测到的6mdA的水平，它是如此之低，以至于科学家们怀疑这样一个罕见的表观遗传信号是否真的有功能。在这些最初的报道之后，其他一些已发表的研究都无法在动物身上检测到6mdA。

令人费解的表观遗传信号

就像许多其他研究小组一样，林雪平大学的Colm Nestor小组也开始研究这种令人费解的表观遗传信号。然而，他们无法在人类或小鼠细胞中检测到它。最终，他们在两个人类细胞样本中检测到了6mdA，但结果发现这两个样本都被支原体细菌污染了。研究人员怀疑，表观遗传标记来自细菌，而不是人体细胞。他们用抗支原体的抗生素处理细胞，看到6mdA信号消失。

李大的研究人员认为，在表观遗传学研究中，支原体细菌的污染是一个被低估的问题。他们发现的特殊支原体菌株在健康人中很常见，通常不会对健康造成任何负面影响。由于支原体细菌不仅可以存在于细胞外，也可以存在于人体内的细胞内，因此这种细菌可能存在于人类样本中，但未被检测到。对于大多数类型的细菌，研究人员可以很容易地检测出实验室中培养的细胞是否受到污染。然而，对于支原体污染却不是这样，它需要进行特殊的检测。

细菌会给基因研究带来问题

LiU的研究人员很快发现，不仅仅是支原体细菌给研究6mdA标记的研究人员带来了问题。他们还发现了用于检测这种表观遗传修饰的几种方法的问题。

细菌会给基因研究带来问题，"我们意识到，这些技术检测到的6mdA'信号'只是噪音。然而，由于一些复杂的技术问题，几种方法中的背景噪声并不是随机的，而是看起来是一个真实的信号。林雪平大学生物医学和临床科学系研究员、该研究的负责人Colm Nestor说："现在我们可以毫无疑问地说，6mdA不存在于哺乳动物中。

Colm Nestor认为，关于哺乳动物中6mdA的报告来自于发表在著名科学期刊上的执行良好的研究。由于完全不同的假象，几种方法给出了类似的误导性结果，这是极不寻常的。

"当我们分析非常罕见的现象时，我们必须非常谨慎，并考虑我们是否真的可以使用我们选择的方法来测量它们。关于6mdA，如果研究人员停止研究根本不存在的东西，就可以节省很多时间和金钱，避免很多失望。"Colm Nestor说。

引用

Linköping University. "Bacteria cause problems for genetic research." ScienceDaily. ScienceDaily, 18 March 2020. www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200318143718.htm.