推荐一个实用的转录调控数据库,帮你找转录因子结合位点、预测靶基因、找ChIP-seq数据…

2020-04-24 1697其它数据库

来自俄罗斯研究人员开发了基因转录调控数据库:GTRD(Gene Transcription Regulation Database),为转录调控研究提供最全面的ChIP-seq实验数据资源,并提供实用的转录因子与靶基因查询功能。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

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GTRD:基因转录调节数据库

ChIP-seq是一种广泛用于识别给定转录因子结合区域的技术。基于全球大量的ChIP-seq数据集积累,已建立了一些专有数据库。但是这些数据库没有集成来自不同ChIP-seq实验数据提供非冗余的转录因子结合位点(TFBSs)集。

为了弥补这个不足,研究人员开发了基因转录调控数据库:GTRD。GTRD从SRA、GEO、ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的ChIP-seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点。该数据库自发布以来,一直在保持更新。

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GTRD能做什么?

根据转录因子搜索ChIP-seq实验数据

用户可根据转录因子查询相关ChIP-seq实验数据,首页点击“Start”,搜索框输入转录因子名称,即可在下面窗口展示查询结果。

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查询基因上的转录因子结合位点

在高级搜索功能中,用户可根据基因和转录因子的信息,搜索转录因子结合位点情况。

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预测转录因子的靶基因

在高级搜索功能中,用户还可根据转录因子的信息预测其靶基因,查询结果以基因列表的形式反馈。

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👉 访问GTRD:http://gtrd.biouml.org.

参考文献
[1] Yevshin I, Sharipov R, Kolmykov S, Kondrakhin Y, Kolpakov F.GTRD: a database on gene transcription regulation-2019 update.Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D100-D105.
[2] Yevshin I, Sharipov R, Valeev T, Kel A, Kolpakov F.GTRD: a database of transcription factor binding sites identified by ChIP-seq experiments. Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D61-D67.
图片来源:GTRD官网、参考文献,如有侵权请联系删除。

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