推荐一个实用的转录调控数据库，帮你找转录因子结合位点、预测靶基因、找ChIP-seq数据…

来自俄罗斯研究人员开发了基因转录调控数据库：GTRD（Gene Transcription Regulation Database），为转录调控研究提供最全面的ChIP-seq实验数据资源，并提供实用的转录因子与靶基因查询功能。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

GTRD：基因转录调节数据库

ChIP-seq是一种广泛用于识别给定转录因子结合区域的技术。基于全球大量的ChIP-seq数据集积累，已建立了一些专有数据库。但是这些数据库没有集成来自不同ChIP-seq实验数据提供非冗余的转录因子结合位点（TFBSs）集。

为了弥补这个不足，研究人员开发了基因转录调控数据库：GTRD。GTRD从SRA、GEO、ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的ChIP-seq数据，采用标准流程进行peak calling分析，并基于已有的转录因子motif数据，预测了转录因子结合位点。该数据库自发布以来，一直在保持更新。

GTRD能做什么?

根据转录因子搜索ChIP-seq实验数据

用户可根据转录因子查询相关ChIP-seq实验数据，首页点击“Start”，搜索框输入转录因子名称，即可在下面窗口展示查询结果。

查询基因上的转录因子结合位点

在高级搜索功能中，用户可根据基因和转录因子的信息，搜索转录因子结合位点情况。

预测转录因子的靶基因

在高级搜索功能中，用户还可根据转录因子的信息预测其靶基因，查询结果以基因列表的形式反馈。

👉 访问GTRD：http://gtrd.biouml.org.

参考文献
[1] Yevshin I, Sharipov R, Kolmykov S, Kondrakhin Y, Kolpakov F.GTRD: a database on gene transcription regulation-2019 update.Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D100-D105.
[2] Yevshin I, Sharipov R, Valeev T, Kel A, Kolpakov F.GTRD: a database of transcription factor binding sites identified by ChIP-seq experiments. Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D61-D67.
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