2024-04-17 56CNGBdb
2024年3月,国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在国际学术期刊《自然-生态与演化》(Nature Ecology & Evolution)发表。该研究题为“Metagenomic analysis of individual mosquito viromes reveals the geographical patterns and drivers of viral diversity”,该研究揭示了多种蚊虫在不同生境下病毒的多样性、传播分布的影响因素及地理谱系特征,在多维尺度上为研究蚊虫病毒组提供了重要的新见解。
本研究产生的宏转录组数据已存储于国家基因库生命大数据平台(CNGBdb),项目编号为:CNP0004669。
蚊子传播的病毒导致人类疾病负担不断增加。尽管如此,我们对个体蚊子宿主内病毒的多样性和生态学知之甚少。此项研究从中国不同的栖息地收集了2,438只蚊子个体,并通过宏转录组测序对蚊子个体的病毒组进行了表征,将个体昆虫内的病毒多样性与国家范围内的总体多样性联系起来,为昆虫媒介病毒体的一般生态学提供了独特的见解,包括病毒流行率、分布、病毒体组成的驱动因素和宿主特异性。
研究团队采用宏转录组学方法,测定了中国经纬度约4000公里范围内2438 只蚊子(81种)的病毒组。从这些数据中确定了393种与蚊子相关的病毒,包括7种(推定的)节肢动物传播病毒(即虫媒病毒);确定了潜在的蚊子种类以及病毒多样性和节肢动物病毒发生的地理热点,并证明了蚊子病毒组的组成与宿主系统发育密切相关;同时揭示了蚊子种或属之间共享的大量病毒,加深了我们对昆虫相关病毒宿主特异性的了解。此外,还检测到多种病毒在全国范围内广泛传播,这或许反映了蚊子的远距离传播。
综上所述,此项研究结果极大地扩展了已知的蚊子病毒组,将单个昆虫的病毒多样性与全国范围内的病毒多样性联系起来,并为昆虫媒介中病毒的生物地理学和多样性提供了独特的见解。
中山大学施莽教授、吴未辰博士,深圳华大生命科学研究院李俊桦研究员、王达希副研究员,复旦大学李博教授为本文通讯作者。复旦大学生命科学学院博士研究生潘远飞、深圳华大生命科学研究院赵海龙博士、中山大学医学院博士研究生苟钦妤为共同第一作者。该项科研成果符合伦理和数据安全法律法规,所产生的数据全部存储于深圳国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)。
参考文献:
Pan, YF., Zhao, H., Gou, QY. et al. Metagenomic analysis of individual mosquito viromes reveals the geographical patterns and drivers of viral diversity. Nat Ecol Evol (2024). https://doi.org/10.1038/s41559-024-02365-0
部分信息来源于:“华大集团BGI”公众号