Codeplot
简介
脚本
输入
输出
qc
简介

this workflow load files and calculate quality control metrics by scanpy.pp.calculate_qc_metrics

脚本
输入
任务名称变量名称类型描述
*
      main.qc
    filetypeString
      --
    
*
      main
    project_nameString
      项目名称
    
*
      main
    infileFile
      输入矩阵文件
    
*
      main.qc
    per_mtInt
      细胞过滤线粒体表达的最大百分比
    
*
      main.qc
    min_geneInt
      一个细胞过滤所需的最少表达基因数
    
*
      main.qc
    min_cellInt
      一个基因过滤所需的最少表达细胞数
    
*
      main.qc
    memoryString
      任务运行的内存数量,注意1.取值范围为0.25核-32核,另外还可选48核和64,CPU必须为0.25核的整数倍;2.内存取值范围>为1GB-512GB,且内存必须为1GB的整数倍3.CPU/内存配比值必须在1:2到1:8之间
    
*
      main.qc
    genesInt
      一个细胞过滤所需的最大表达基因数
    
*
      main.qc
    dockerString
      --
    
*
      main.qc
    cpuString
      任务运行的CPU数量,注意1.取值范围为0.25核-32核,另外还可选48核和64,CPU必须为0.25核的整数倍;2.内存取值范围为1GB-512GB,且内存必须为1GB的整数倍3.CPU/内存配比值必须在1:2到1:8之间
    
输出
任务名称变量名称类型描述
*
      main
    pngfileArray[File]
      通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列
    
*
      main
    h5adfileFile
      通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列