简介
脚本
输入
输出
STUtility
简介
STutility is an R-package with the goal of providing an easy-to-use visualization and analysis tool kit for spatial transcriptomics data.
脚本
输入
| 任务名称 | 变量名称 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|---|
| * STUtility | spotfiles | Array[File] | spot文件 |
| * STUtility | samples | Array[File] | 10x数据的h5文件或者ST的样本文件 |
| * STUtility | platform | String | 测序平台 |
| * STUtility | min_spot_count | Int | 最小的spot计数 |
| * STUtility | min_gene_spots | Int | 最小的gene spots数 |
| * STUtility | min_gene_count | Int | 最小的gene计数 |
| * STUtility | json | Array[File] | 10x数据的scalefactors json文件 |
| * STUtility | is_ST | Boolean | 数据是否是ST类型 |
| * STUtility | is_10x_Visium | Boolean | 数据是否是10x类型 |
| * STUtility | imgs | Array[File] | 图片文件 |
输出
| 任务名称 | 变量名称 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|---|
| STUtility | STUtilityOut | File | 图像处理后的数据 |
| STUtility | STUtilityOutquality | File | 质控图 |
| STUtility | STUtilityOutfeature | File | 特征分布图 |
| STUtility | STUtilityOutimage_process | File | 图像处理图片 |
| STUtility | STUtilityOutseurat_clusters | File | 聚类图 |