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SPOTlight
简介
简介
空间异质性是器官功能的关键特征，细胞的位置信息对细胞命运调控机制和细胞谱系发生过程的研究十分重要。空间转录组在单细胞测序技术的基础上增加在空间位置信息。但是目前大部分空间组测序技术缺乏单细胞分辨率，SPOTlight 工具结合单细胞RNA测序信息反卷积空间数据，识别混合物（数据点）中的细胞类型和比例,工具2021年发表于Nucleic Acids Research.工具详细介绍可以查看原文。
本工作流使用 SPOTlight v 0.1.0 版本工具，用户上传单细胞包含注释的RDS文件和空间转录组数据(RDS格式).
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该工具由国家基因库团队提供。如有任何问题或疑虑，请联系CNGBdb@cngb.org
脚本
输入
| 任务名称 | 变量名称 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|---|
| * run_spotlight.spotlight | sc_matrix | File | 输入单细胞转录组数据，rds格式 |
| * run_spotlight.spotlight | sp_matrix | File | 输入时空组数据，rds格式 |
输出
| 任务名称 | 变量名称 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|---|
| run_spotlight.spotlight | result | File | 输出表格文件 |
| run_spotlight.spotlight | prop_heatmap | File | 输出i图片文件 |