Codeplot
CellChat
简介

简介

cellChatDB基于KEGG数据库以及人工核验,考虑已知的配体受体复合物的组成,包括配体和受体的多聚复合物等,避免只使用一个配体/一个受体基因对,而忽略多个受体共同行使功能的情况。数据库包含人和鼠的受体配体相互作用信息。参考

使用说明

流程需提供细胞注释好的Seurat Object 的RDS文件,以及cellChatDB 配受体数据库需要用的物种信息,human 或者 mouse

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该工具由国家基因库团队进行WDL封装。如有任何问题或疑虑,请联系CNGBdb@cngb.org

脚本
输入
任务名称变量名称类型描述
* run_cellchat.cellchat rdsFile 输入RDS文件
* run_cellchat.cellchat speciesString cellchatDB的物种类型:human 或者 mouse,默认human
输出
任务名称变量名称类型描述
* run_cellchat interactions_numberFile 互作数的圈图
* run_cellchat interaction_wsFile 相互作用圈图
* run_cellchat final_rdsString 分析最后生成的RDS文件
* run_cellchat dfnetString 细胞通讯预测结果文件